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我要学perl么

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[求助] 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量

如题：
如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量，如下图

是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗？

图片1.png

[ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ]

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1楼 2013-08-14 22:23:11

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wizardfan

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引用回帖:

6楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-18 23:20:39
你好，我还想再问2个问题。
1. 我有包含lncRNA的exon的位置信息的GFF文件，怎么样才能得到他们的内含子及上下游的信息？另外在USCS main里position选项的define regions里它提示There is a limit of 1,000 define ...

random的那个要看paper里是怎么写的了
exon以外的不就是intron吗？
在下拉菜单里有exons的选项吧。

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7楼2013-08-19 05:06:58

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wizardfan

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【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+2, 辛苦了 2013-08-21 17:51:30

自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组，可以考虑用galaxy

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2楼2013-08-15 08:08:24

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我要学perl么

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2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 08:08:24
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组，可以考虑用galaxy

我做的是猪的。
galaxy可以用吗？
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列，然后自己写perl代码？

另外有个小问题：就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况，ACGN，GC含量算50%吗？

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3楼2013-08-15 08:42:36

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wizardfan

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44

引用回帖:

3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-15 08:42:36
我做的是猪的。
galaxy可以用吗？
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列，然后自己写perl代码？

另外有个小问题：就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况，ACGN，GC含量算50%吗？...

I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101

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4楼2013-08-15 17:33:44

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