24小时热门版块排行榜    

查看: 2364  |  回复: 15
本帖产生 1 个 BioEPI ,点击这里进行查看
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量

如题:
如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量,如下图



是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗?
【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置(exon、intron)的GC含量
图片1.png



[ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-20 07:24:54
我不是GALAXY专家,推荐你加入官方邮件列表参与讨论...

嗯。
谢谢你的帮助!
10楼2013-08-20 09:52:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 16 个回答

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
silicare: 金币+2, 辛苦了 2013-08-21 17:51:30
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组,可以考虑用galaxy
2楼2013-08-15 08:08:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我要学perl么

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 08:08:24
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组,可以考虑用galaxy

我做的 是猪的。
galaxy可以用吗?
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列,然后自己写perl代码?

另外有个小问题:就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况,ACGN,GC含量算50%吗?
3楼2013-08-15 08:42:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-15 08:42:36
我做的 是猪的。
galaxy可以用吗?
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列,然后自己写perl代码?

另外有个小问题:就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况,ACGN,GC含量算50%吗?...

I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101
4楼2013-08-15 17:33:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 341求调剂(一志愿湖南大学070300) +5 番茄头--- 2026-03-22 6/300 2026-03-23 23:45 by Txy@872106
[考研] 一志愿中国石油大学(华东) 本科齐鲁工业大学 +4 石能伟 2026-03-17 4/200 2026-03-23 17:51 by 17862566385
[考研] 306求调剂 +9 chuanzhu川烛 2026-03-18 9/450 2026-03-23 13:17 by luoyongfeng
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +8 材料学257求调剂 2026-03-23 9/450 2026-03-23 13:01 by ztnimte
[考研] 石河子大学(211、双一流)硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
[考研] 一志愿西安交通大学材料工程专业 282分求调剂 +11 枫桥ZL 2026-03-18 13/650 2026-03-22 20:26 by edmund7
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-18 6/300 2026-03-22 20:18 by edmund7
[考研] 319求调剂 +4 小力气珂珂 2026-03-20 4/200 2026-03-22 15:53 by ColorlessPI
[考研] 一志愿东华大学控制学硕320求调剂 +3 Grand777 2026-03-21 3/150 2026-03-21 19:23 by 简之-
[考研] 一志愿南大,0703化学,分数336,求调剂 +3 收到VS 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:42 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 材料 271求调剂 +5 展信悦_ 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:29 by 学员8dgXkO
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 083200学硕321分一志愿暨南大学求调剂 +3 innocenceF 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:35 by JourneyLucky
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 华东师范大学-071000生物学-293分-求调剂 +3 研究生何瑶明 2026-03-18 3/150 2026-03-21 01:30 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交大,求调剂 +5 材化逐梦人 2026-03-18 5/250 2026-03-21 00:26 by JourneyLucky
[考研] 294求调剂材料与化工专硕 +15 陌の森林 2026-03-18 15/750 2026-03-20 23:28 by JourneyLucky
[考研] 一志愿吉林大学材料学硕321求调剂 +11 Ymlll 2026-03-18 15/750 2026-03-20 19:40 by 丁丁*
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见