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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
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我要学perl么

新虫 (初入文坛)

[求助] 【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量

如题：
如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量，如下图



是要从网上下染色体的全部序列信息然后再自己计算吗？
【求助】如何得到某一物种的所有蛋白翻译基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
图片1.png



[ Last edited by 我要学perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ]
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1楼 2013-08-14 22:23:11
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主
引用回帖:
8楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-20 01:07:22
你好！谢谢，Galaxy是非常好用的工具。
蛋白编码基因的内含子、外显子和上下游的GC含量我会计算了。但是对于lncRNA仍有点问题。
现在我有lncRNA的gtf和gff两种文件，对于如何计算GC含量我有2个想法，不知道哪个对 ...

我不是GALAXY专家，推荐你加入官方邮件列表参与讨论
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9楼2013-08-20 07:24:54
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
silicare: 金币+2, 辛苦了 2013-08-21 17:51:30
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组，可以考虑用galaxy
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2楼2013-08-15 08:08:24
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我要学perl么

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wizardfan at 2013-08-15 08:08:24
自己计算是最方便最自由的
如果是人等的注释很好的基因组，可以考虑用galaxy

我做的 是猪的。
galaxy可以用吗？
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列，然后自己写perl代码？

另外有个小问题：就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况，ACGN，GC含量算50%吗？
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3楼2013-08-15 08:42:36
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
我要学perl么: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-08-16 16:55:05
silicare: 金币+5, BioEPI+1 2013-08-21 17:51:44
引用回帖:
3楼: Originally posted by 我要学perl么 at 2013-08-15 08:42:36
我做的 是猪的。
galaxy可以用吗？
如果要自己计算的话是要下载全基因组序列，然后自己写perl代码？

另外有个小问题：就是计算GC含量的时候假如遇到这样的情况，ACGN，GC含量算50%吗？...

I think so
Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/
click "get data" in the left panel, choose UCSC main
Select pig in the genome
Search for geecee to calculate gc content

If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101
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4楼2013-08-15 17:33:44
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