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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 怎样分析基因组序列？
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tianti_121

新虫 (小有名气)

[交流] 怎样分析基因组序列？已有7人参与

我们实验室对一株菌进行了全基因组测序，现在全部序列已知，我想知道如何分析，看看里面都有些什么基因，从中找出适合下部试验的目的基因
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1楼2013-10-25 10:53:40
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qingarmy

金虫 (正式写手)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-11-11 08:56:59
可以参照他人科研成果，同属相似.......看他们在做什么基因，他们的论文有可能会对相关基因做分析......在看一眼这方面最新动态，热点，参考同行
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笃定
2楼2013-10-25 10:59:14
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yechao0911

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
当让得先对基因组进行注释了
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3楼2013-10-25 23:01:26
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恨月移魂

铁虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
加好友吧，我今年研一，也是搞这个
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4楼2013-10-27 23:17:43
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xuyisit

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你们做的基因组测序是框架图、精细图还是完成图？
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5楼2013-11-10 17:22:38
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笨熊zhou

木虫 (小有名气)
用PRIMER5或者DNAMAN，试试，
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每天对着镜子开心一笑
6楼2013-11-10 19:30:49
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muji9908

铁虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
去http://rast.nmpdr.org/
这个网站可以自动做基因组分析
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7楼2013-11-11 07:13:43
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。
具体请参见：
薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html  的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html  ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan  的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net  下载。
基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org  进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org  .

生物信息学参考书：
1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank
下载后即可阅读。
2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版）
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank
下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。
“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用，很容易看懂并且自己上手操作，不过没有讲述各种算法的原理。

如果要更深入学习生物信息学，建议学习：
1.Pierre Baldi etal.,Bioinformatics------the Machine Learning Approach,MIT press,2001,千万不要看该书的翻译版本，翻译版烂的难以想象，翻译版就连条件概率的公式的含义都不知道怎么解释！下载：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1038227&fpage=1&target=blank
2.M.Zvelebil ,J.O.Baum 著（2008），李亦学、郝沛 主译，理解生物信息学，科学出版社，2012，这本书的英文原版，我还没有见过，此书内容丰富，解析详细，但是让人非常不爽的是全书所有的数据库和软件下载处均未在正文中给出具体网址，而是每章末的参考文献中给出带有具体网址的SCI文献。
3.李霞、李亦学 主编，生物信息学学习指导与习题集，人民卫生出版社，2011，现在大陆唯一的一本生物信息学习题解答，包括上机题目中不少也有文字版本的具体解答。
4.M.Michael Gromiha,Protein Bioinformatics:From Sequence to Function,Elsevier,2001.

意见仅供参考。
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8楼2014-07-09 10:29:53
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