| 查看: 2462 | 回复: 7 | ||||
tianti_121新虫 (小有名气)
|
[交流]
怎样分析基因组序列？ 已有7人参与
|
| 我们实验室对一株菌进行了全基因组测序，现在全部序列已知，我想知道如何分析，看看里面都有些什么基因，从中找出适合下部试验的目的基因 |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 生物信息学 |
» 猜你喜欢
求调剂院校信息
已经有4人回复
-
085600材料与化工306
已经有4人回复
-
286求调剂
已经有10人回复
-
328求调剂，英语六级551，有科研经历
已经有9人回复
-
一志愿北京化工大学070300 学硕336求调剂
已经有4人回复
-
286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！
已经有8人回复
-
资源与环境 调剂申请(333分)
已经有5人回复
-
280求调剂
已经有12人回复
-
269专硕求调剂
已经有5人回复
-
材料学硕301分求调剂
已经有7人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 水稻基因组序列对所用品种水稻通用么？
已经有5人回复
- 在NCBI里搜索到a基因多条序列，如何确定该基因的序列？
已经有9人回复
- 如何进行基因中外显子和内含子的分析
已经有11人回复
- 怎样从MEGA5.0做出的系统进化图中找到各种基因的序列？
已经有4人回复
- 怎么做基于KEGG的生物通路富集分析？
已经有9人回复
- 如何获得基因组序列
已经有5人回复
- 如何查找一个蛋白DNA结合域的基因序列？
已经有4人回复
- 如何用一直的一小段EST得到基因全长，求高手指教~
已经有7人回复
- 基因序列怎样转成核苷酸序列
已经有7人回复
- 怎样在NCBI中查找一物种的全基因组？
已经有12人回复
- 序列相似度较低，该如何申请获得基因登陆号
已经有4人回复
- 基因如何分析？
已经有7人回复
- 【求助/交流】基因序列的分析
已经有5人回复
- 【求助/交流】如何提取基因组序列并分析,有什么软件?
已经有4人回复
- 【求助/交流】怎样查找已知基因序列的等电点
已经有5人回复
- 【求助/交流】已知基因序列如何克隆获得
已经有18人回复
qingarmy
金虫 (正式写手)
- 应助: 19 (小学生)
- 金币: 1353.3
- 散金: 222
- 红花: 4
- 帖子: 890
- 在线: 318.9小时
- 虫号: 2612192
- 注册: 2013-08-23
- 专业: 生物信息学
2楼2013-10-25 10:59:14
yechao0911
木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 4925.5
- 散金: 590
- 红花: 8
- 帖子: 395
- 在线: 112.4小时
- 虫号: 1817216
- 注册: 2012-05-14
- 性别: GG
- 专业: 系统生物学
3楼2013-10-25 23:01:26
恨月移魂
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 2 (幼儿园)
- 金币: 204.5
- 散金: 40
- 帖子: 49
- 在线: 249.3小时
- 虫号: 2456616
- 注册: 2013-05-09
- 性别: GG
- 专业: 微生物资源与分类学
4楼2013-10-27 23:17:43
xuyisit
木虫 (著名写手)
- 应助: 17 (小学生)
- 金币: 2308.3
- 散金: 1019
- 红花: 2
- 帖子: 1433
- 在线: 201.6小时
- 虫号: 1187599
- 注册: 2011-01-11
- 性别: GG
- 专业: 化学生物学与生物有机化学
5楼2013-11-10 17:22:38
笨熊zhou
木虫 (小有名气)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 1813.4
- 红花: 2
- 帖子: 133
- 在线: 17.1小时
- 虫号: 1500951
- 注册: 2011-11-20
- 性别: MM
- 专业: 兽医传染病学
用PRIMER5或者DNAMAN，试试， 6楼2013-11-10 19:30:49
7楼2013-11-11 07:13:43
凌波丽
专家顾问 (知名作家)
-
专家经验: +218 - 应助: 397 (硕士)
- 贵宾: 0.044
- 金币: 2118.9
- 散金: 10
- 红花: 208
- 帖子: 5633
- 在线: 571.6小时
- 虫号: 1766465
- 注册: 2012-04-19
- 性别: MM
- 专业: 生物大分子结构与功能
- 管辖: 生物科学综合
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
实际上预测真核基因的结构有很多种预测方法和免费的网站。 具体请参见： 薛庆中 等编著，DNA和蛋白质序列数据分析工具，科学出版社，2012，第三版，25-39，第2章 真核基因结构的预测，其中有GENSCAN（针对基因组ＤＮＡ序列预测可读框和基因结构）: http://genes.mit.edu/GENSCAN.html 的操作介绍，还有CpGplot（CpG岛预测）: http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.html ,PromoterScan（启动子区域i预测）: http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan 的介绍。也介绍了 用软件CodonW 计算基因密码子偏好性，CodonW 能够在Windows系统下运行，可以从http://codonw.sourcerforge.net 下载。 基因功能分类可以用Gene Ontology : http://www.geneontology.org 进入界面后在基因功能数据库中搜索目的基因可能的生物学功能，或者特定的生物学功能有哪些基因可能参与。还可以到 Genecards 数据库去查询 感兴趣的基因的功能，Genecards http://www.genecards.org . 生物信息学参考书： 1.DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)PDF http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6358121&fpage=1&target=blank 下载后即可阅读。 2.DNA和蛋白质序列数据分析工具_(第三版） http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7614763&fpage=1&target=blank 下载后好像无法解压，楼主试试看吧，至少“DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”肯定能够用。 “DNA和蛋白质序列数据分析工具(第二版)”都是讲的生物信息学数据库和生物信息学软件的具体应用，很容易看懂并且自己上手操作，不过没有讲述各种算法的原理。 如果要更深入学习生物信息学，建议学习： 1.Pierre Baldi etal.,Bioinformatics------the Machine Learning Approach,MIT press,2001,千万不要看该书的翻译版本，翻译版烂的难以想象，翻译版就连条件概率的公式的含义都不知道怎么解释！下载：http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1038227&fpage=1&target=blank 2.M.Zvelebil ,J.O.Baum 著（2008），李亦学、郝沛 主译，理解生物信息学，科学出版社，2012，这本书的英文原版，我还没有见过，此书内容丰富，解析详细，但是让人非常不爽的是全书所有的数据库和软件下载处均未在正文中给出具体网址，而是每章末的参考文献中给出带有具体网址的SCI文献。 3.李霞、李亦学 主编，生物信息学学习指导与习题集，人民卫生出版社，2011，现在大陆唯一的一本生物信息学习题解答，包括上机题目中不少也有文字版本的具体解答。 4.M.Michael Gromiha,Protein Bioinformatics:From Sequence to Function,Elsevier,2001. 意见仅供参考。 |
8楼2014-07-09 10:29:53
40