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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求高手指点：RT-PCR的引物设计
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zhywancx

铜虫 (小有名气)

[求助] 求高手指点：RT-PCR的引物设计

本人要做荧光定量PCR，知道了RNA序列，是否可以直接根据RNA设计引物？如果知道DNA序列，该如何设计？
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1楼 2011-11-20 15:08:17
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zhywancx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 茅草无敌 at 2011-11-22 12:31:32:
可是各位师兄师姐，有设计引物的步骤吗primmer5不太会用

NCBI也有设计引物的功能，不过我也不大会用。我这有个Primer5.0的中文教程，你看看吧
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  • 附件 1 : Primer5.0_Chineseusingmethods.pdf
    • 2011-11-22 15:49:05, 504.92 K
10楼2011-11-22 15:50:17
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普通回帖

blackrose8089

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

zhywancx(金币+2): 谢谢 2011-11-20 20:05:37
楼主设计引物最好跨内含子，片段长度在80-150bp之间，退火温度一致，可以用在线的primer3或5辅助设计
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jiayoubashaonian
2楼2011-11-20 17:57:06
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muyanshuang

木虫 (正式写手)
一般是可以根据RNA序列设计，荧光定量引物，在基本的引物设计原则下，要求更严格一些。
不允许有引物二聚体和任何杂带！
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3楼2011-11-21 10:19:14
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zhywancx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by muyanshuang at 2011-11-21 10:19:14:
一般是可以根据RNA序列设计，荧光定量引物，在基本的引物设计原则下，要求更严格一些。
不允许有引物二聚体和任何杂带！

嗯，谢谢，那如果只查到了DNA序列，能根据DNA序列设计RT-PCR的引物吗?
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4楼2011-11-21 11:16:58
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muyanshuang

木虫 (正式写手)
需要知道DNA序列中的内含子和外显子的位置，根据外显子设计引物。
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5楼2011-11-21 16:56:40
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muyanshuang

木虫 (正式写手)
你做的是什么物种，基因很少有人做么？可以查NCBI数据库。
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6楼2011-11-21 17:01:42
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zhywancx

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by muyanshuang at 2011-11-21 17:01:42:
你做的是什么物种，基因很少有人做么？可以查NCBI数据库。

我做的小麦，需要检测好几个基因，基因序列已经从genbank中查到，不过有的是mRNA序列，有的是DNA序列
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7楼2011-11-22 10:01:44
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muyanshuang

木虫 (正式写手)
小麦基因组测序已经公布一些了，可以查一下。
不过里面未知的基因还是很多的。
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8楼2011-11-22 11:14:53
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茅草无敌

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
9楼2011-11-22 12:31:32
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