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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 豚鼠种属的引物设计
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eaglehys

铁虫 (小有名气)

[求助] 豚鼠种属的引物设计

要做一些豚鼠的因子（MMP13，SDF-1等）进行RT-PCR，但是在pubmed上查不到相关的序列，我用的PP5软件设计。诸位师兄师姐有这方面经验或知识的请一定帮忙，万分感谢。
而且，如果在文献里找了别人的序列，但是在pubmed BLAST比对的话，显示出来的也是大鼠的或人的序列，没有豚鼠的数据也没办法比对。
如何解决，十分急用，请一定帮忙！
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雷霆怒吼
1楼2011-07-20 09:05:12
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倔强的投手

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): 有道理！ 2011-07-20 16:28:38
eaglehys(金币+4): 有价值，但比如保守序列的具体比对方式还需请教，如方便请您留下QQ或手机号码，谢谢! 2011-07-22 11:38:02
如果没有豚鼠的序列
那就只能找几个与豚鼠序列相似性较高的序列
比对后找到保守序列
然后根据保守序列设计引物了
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2楼2011-07-20 09:38:14
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eaglehys

铁虫 (小有名气)
谢谢，比如说以RATTUS的序列进行设计，怎能能知道哪一段是保守序列？请多帮忙！
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雷霆怒吼
3楼2011-07-20 10:07:06
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足下客

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
西瓜(金币+3): good！ 2011-07-20 16:28:50
eaglehys(金币+1): 谢谢，如果方便请告诉我你的QQ号或手机，我的QQ175314061.谢谢 2011-07-22 11:39:35
所谓的保守序列就是在与豚鼠相似的其他种群中，如大鼠、仓鼠等，都是具有这个基因的，在不同的种群中，这个基因的序列相似度非常高，至少要达到百分之九十以上。
你说的这个RATTUS的序列，如果在其他种的鼠中也存在的话，就可以用这个序列设计引物了
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4楼2011-07-20 10:14:51
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eaglehys

铁虫 (小有名气)
谢谢你的帮助，如果我用大鼠的序列设计引物，这个序列的哪一段是保守序列，在pubmed数据库里可以看到吗？
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雷霆怒吼
5楼2011-07-20 10:33:22
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by eaglehys at 2011-07-20 10:33:22:
谢谢你的帮助，如果我用大鼠的序列设计引物，这个序列的哪一段是保守序列，在pubmed数据库里可以看到吗？

楼主可以使用“引用回复”功能，这样别人能接到通知的。
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6楼2011-07-20 16:29:23
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eaglehys

铁虫 (小有名气)
好的，明白了， 谢谢斑竹噶
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雷霆怒吼
7楼2011-07-22 11:40:09
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