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小海豚1987

新虫 (初入文坛)

[求助] 急求:分析外显子和内含子的软件?? 已有4人参与

急求:分析外显子和内含子的软件??  我做的是无脊椎动物,基因组信息还没有完全上传NCBI,在网上看到一些网站都不能用,选择物种的下拉菜单里都没有我们做的物种。不知道应该怎么分析啊?求各位大虾帮忙!
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bayu18

新虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-07-03 11:16:03
可能直接用实验方法更简单,分别用cDNA和基因组的DNA 做模板进行PCR,之后送去测序,cDNA 不包含的序列不就是内含子,如果需要小一些的片段,可以结合类似物种的同源基因的大致位点对于目的基因片段所在的DNA进行有 ...

您好,请问我已经利用PCR的方法获得了cDNA和DNA序列,那么我用什么软件可以比对出内含子和外显子呢?不能用眼直接找吧,基因太长了。多谢。
9楼2015-03-30 16:39:10
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-04-26 23:55:56
小海豚1987: 金币+2, 有帮助 2014-04-30 22:30:44
可以用GeneScan ,http://genes.mit.edu/GENESCAN.html
2楼2014-04-26 22:27:24
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sunflower019

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小海豚1987: 金币+2, 有帮助 2014-04-30 22:34:36
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-07-15 21:53:48
http://gsds.cbi.pku.edu.cn/index.php
3楼2014-04-28 10:51:05
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oylb

禁言 (正式写手)

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流经验! 2014-07-15 21:53:53
本帖内容被屏蔽

4楼2014-04-28 11:51:27
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