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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何比对出外显子和内含子
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bayu18

新虫 (正式写手)

[求助] 如何比对出外显子和内含子 已有2人参与

各位大侠：
我做的这种植物基因组未知，我通过PCR获得了某个基因的cDNA序列和相应的DNA序列，请问用什么软件可以比对出哪部分是外显子和内含子。急，万分感谢。
PS：我用DNAman比对，只比出来了一段外显子，其他的都比对错位了。
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1楼 2015-03-30 17:03:49
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bayu18(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-30 20:48:27
bayu18: 金币+4, ★★★很有帮助 2015-03-31 08:34:26
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后点击blast应该就看到结果了。
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2楼2015-03-30 20:23:48
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bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

谢谢您的帮助，我用您的方法比对了一下，发现只比出来了100bp的外显子，和DNAman的结果一样的，其他部分都没有比上，难道剩余的都是内含子吗？可是cDNA还有很长部分没比上呢。
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3楼2015-03-31 08:34:14
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bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

请见blast结果，如图
如何比对出外显子和内含子
blast.jpg
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4楼2015-03-31 08:37:06
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bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

blast结果
如何比对出外显子和内含子-1
blast.jpg
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    • 2015-03-31 08:37:51, 36.09 K
5楼2015-03-31 08:38:06
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bayu18: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-03-31 11:14:29
我比对外显子与内含子是软件与手工相结合，运用内含子保守型序列查找，只要cDNA和基因组DNA序列没有问题，一般不会出错。
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没有做不到，只有想不到！
6楼2015-03-31 08:39:03
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bayu18 at 2015-03-31 08:38:06
blast结果

blast.jpg
...

序列总长度只有600bp啊，那只有一个外显子很正常的。应该是你没有拿到全长
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7楼2015-03-31 08:54:10
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bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-31 08:54:10
序列总长度只有600bp啊，那只有一个外显子很正常的。应该是你没有拿到全长...

那好吧，我再试试，谢谢啦
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8楼2015-03-31 11:12:26
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bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-03-31 08:39:03
我比对外显子与内含子是软件与手工相结合，运用内含子保守型序列查找，只要cDNA和基因组DNA序列没有问题，一般不会出错。

谢谢，请问内含子保守型序列是什么呀？我用软件只找到了100bp的外显子，其余的不知道呢。
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9楼2015-03-31 11:14:22
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

朱玉贤《现代分子生物学》教材里面有介绍啊，最常见的是GU-AG原则
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没有做不到，只有想不到！
10楼2015-03-31 13:43:53
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