应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何比对出外显子和内含子
101/1返回列表
查看: 3117  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

bayu18

新虫 (正式写手)

[求助] 如何比对出外显子和内含子 已有2人参与

各位大侠：
我做的这种植物基因组未知，我通过PCR获得了某个基因的cDNA序列和相应的DNA序列，请问用什么软件可以比对出哪部分是外显子和内含子。急，万分感谢。
PS：我用DNAman比对，只比出来了一段外显子，其他的都比对错位了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-30 17:03:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bayu18(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-30 20:48:27
bayu18: 金币+4, ★★★很有帮助 2015-03-31 08:34:26
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后点击blast应该就看到结果了。
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-30 20:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

谢谢您的帮助，我用您的方法比对了一下，发现只比出来了100bp的外显子，和DNAman的结果一样的，其他部分都没有比上，难道剩余的都是内含子吗？可是cDNA还有很长部分没比上呢。
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-31 08:34:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

请见blast结果，如图
如何比对出外显子和内含子
blast.jpg
赞一下 回复此楼
4楼2015-03-31 08:37:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

blast结果
如何比对出外显子和内含子-1
blast.jpg
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : blast.jpg
    • 2015-03-31 08:37:51, 36.09 K
5楼2015-03-31 08:38:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bayu18: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-03-31 11:14:29
我比对外显子与内含子是软件与手工相结合，运用内含子保守型序列查找，只要cDNA和基因组DNA序列没有问题，一般不会出错。
赞一下 回复此楼
没有做不到，只有想不到！
6楼2015-03-31 08:39:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bayu18 at 2015-03-31 08:38:06
blast结果

blast.jpg
...

序列总长度只有600bp啊，那只有一个外显子很正常的。应该是你没有拿到全长
赞一下 回复此楼
7楼2015-03-31 08:54:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-31 08:54:10
序列总长度只有600bp啊，那只有一个外显子很正常的。应该是你没有拿到全长...

那好吧，我再试试，谢谢啦
赞一下 回复此楼
8楼2015-03-31 11:12:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-03-31 08:39:03
我比对外显子与内含子是软件与手工相结合，运用内含子保守型序列查找，只要cDNA和基因组DNA序列没有问题，一般不会出错。

谢谢，请问内含子保守型序列是什么呀？我用软件只找到了100bp的外显子，其余的不知道呢。
赞一下 回复此楼
9楼2015-03-31 11:14:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

朱玉贤《现代分子生物学》教材里面有介绍啊，最常见的是GU-AG原则
赞一下(1人) 回复此楼
没有做不到，只有想不到！
10楼2015-03-31 13:43:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bayu18 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于如何从代码看上不上会 +12 且听虎啸 2026-07-09 15/750 2026-07-10 08:12 by jaasxulu
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 68gx6bh3ei 2026-07-09 3/150 2026-07-10 06:53 by pbuc7it0i8
[硕博家园] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 68gx6bh3ei 2026-07-09 3/150 2026-07-10 06:33 by pbuc7it0i8
[硕博家园] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 ph7bxbho8f 2026-07-09 3/150 2026-07-10 05:53 by j4frgf6zcw
[教师之家] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +3 al9t2f50x3 2026-07-09 4/200 2026-07-10 05:33 by j4frgf6zcw
[考研] 售T0P一区SCI文章，我:8O5.51.O.54,科目齐全,可＋急 +4 al9t2f50x3 2026-07-09 4/200 2026-07-10 05:33 by j4frgf6zcw
[基金申请] b口会评 +6 当空照 2026-07-08 6/300 2026-07-09 20:49 by tonyliu0401
[基金申请] 信息学部会评时间 +3 xuel2011 2026-07-06 3/150 2026-07-09 19:05 by mollyzhang_2003
[基金申请] 祈祷青基必中 50+3 hadengry 2026-07-09 9/450 2026-07-09 17:37 by 文杰猪猪
[考研] 在职考研 +6 wu5d 2026-07-08 7/350 2026-07-09 16:40 by 化工小霸王呀
[论文投稿] MSER送审了还被拒稿 +3 S778950906 2026-07-08 5/250 2026-07-09 15:46 by S778950906
[有机交流] 硝基还原 20+3 暮年飞雪 2026-07-07 5/250 2026-07-09 13:30 by tfang
[基金申请] 化学口会评？应用基础研究和基础研究，希望能分开 +3 Tide man 2026-07-08 3/150 2026-07-09 11:36 by dede5556
[基金申请] 今年E04面上 +15 布布和一二 2026-07-05 21/1050 2026-07-09 10:25 by 学员fOzRO9
[基金申请] 生命口会评 +4 wuke100666 2026-07-07 4/200 2026-07-08 16:38 by 逍遥不够自在
[教师之家] 网络举报学术不端成为了男女之间情杀的手段了，真荒唐。。。 +3 zju2000 2026-07-04 3/150 2026-07-07 21:00 by hyx552200
[有机交流] Suzuki偶联中硼酸酯原料掉下的硼酸酯是否可以自身偶联，生成B2Pin2杂质 500+3 天下大同 2026-07-06 3/150 2026-07-07 10:31 by martyr_oyx
[论文投稿] 刑法学论文投稿求助 +3 高源678 2026-07-04 5/250 2026-07-06 12:20 by 平天尺
[论文投稿] Journal of Environmental Chemical Engineering +3 雪花天涯 2026-07-05 3/150 2026-07-06 09:00 by bobvan
[基金申请] 最后一年，祈求好运 +3 pyw1992 2026-07-06 3/150 2026-07-06 08:53 by 苏_frp
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭