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bayu18

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[求助] 如何比对出外显子和内含子已有2人参与

各位大侠：
我做的这种植物基因组未知，我通过PCR获得了某个基因的cDNA序列和相应的DNA序列，请问用什么软件可以比对出哪部分是外显子和内含子。急，万分感谢。
PS：我用DNAman比对，只比出来了一段外显子，其他的都比对错位了。

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1楼 2015-03-30 17:03:49

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bayu18

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引用回帖:

2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

谢谢您的帮助，我用您的方法比对了一下，发现只比出来了100bp的外显子，和DNAman的结果一样的，其他部分都没有比上，难道剩余的都是内含子吗？可是cDNA还有很长部分没比上呢。