应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 如何比对出外显子和内含子
101/1返回列表
查看: 3191  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

bayu18

新虫 (正式写手)

[求助] 如何比对出外显子和内含子 已有2人参与

各位大侠：
我做的这种植物基因组未知，我通过PCR获得了某个基因的cDNA序列和相应的DNA序列，请问用什么软件可以比对出哪部分是外显子和内含子。急，万分感谢。
PS：我用DNAman比对，只比出来了一段外显子，其他的都比对错位了。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-30 17:03:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bayu18(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-03-30 20:48:27
bayu18: 金币+4, ★★★很有帮助 2015-03-31 08:34:26
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Bl ... ;LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后点击blast应该就看到结果了。
赞一下 回复此楼
2楼2015-03-30 20:23:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

谢谢您的帮助，我用您的方法比对了一下，发现只比出来了100bp的外显子，和DNAman的结果一样的，其他部分都没有比上，难道剩余的都是内含子吗？可是cDNA还有很长部分没比上呢。
赞一下 回复此楼
3楼2015-03-31 08:34:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

请见blast结果，如图
如何比对出外显子和内含子
blast.jpg
赞一下 回复此楼
4楼2015-03-31 08:37:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-30 20:23:48
有DNA和cDNA做blast就行了，http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，这个网站有两个方框，把DNA和cDNA分别放到两个框里，顺序不论，然后 ...

blast结果
如何比对出外显子和内含子-1
blast.jpg
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : blast.jpg
    • 2015-03-31 08:37:51, 36.09 K
5楼2015-03-31 08:38:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
bayu18: 金币+3, ★★★很有帮助 2015-03-31 11:14:29
我比对外显子与内含子是软件与手工相结合，运用内含子保守型序列查找，只要cDNA和基因组DNA序列没有问题，一般不会出错。
赞一下 回复此楼
没有做不到，只有想不到！
6楼2015-03-31 08:39:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by bayu18 at 2015-03-31 08:38:06
blast结果

blast.jpg
...

序列总长度只有600bp啊，那只有一个外显子很正常的。应该是你没有拿到全长
赞一下 回复此楼
7楼2015-03-31 08:54:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2015-03-31 08:54:10
序列总长度只有600bp啊，那只有一个外显子很正常的。应该是你没有拿到全长...

那好吧，我再试试，谢谢啦
赞一下 回复此楼
8楼2015-03-31 11:12:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bayu18

新虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 王平阳 at 2015-03-31 08:39:03
我比对外显子与内含子是软件与手工相结合，运用内含子保守型序列查找，只要cDNA和基因组DNA序列没有问题，一般不会出错。

谢谢，请问内含子保守型序列是什么呀？我用软件只找到了100bp的外显子，其余的不知道呢。
赞一下 回复此楼
9楼2015-03-31 11:14:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

朱玉贤《现代分子生物学》教材里面有介绍啊，最常见的是GU-AG原则
赞一下(1人) 回复此楼
没有做不到，只有想不到！
10楼2015-03-31 13:43:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 bayu18 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +55 医学老男孩 2026-08-13 123/6150 2026-08-19 23:44 by stan_et
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +13 kkkl_v 2026-08-19 13/650 2026-08-19 22:37 by 宝贝虫子
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +12 基诺咪客 2026-08-17 16/800 2026-08-19 22:04 by kk 的小木虫
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭