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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 已知基因cDNA序列，如何确定基因全长
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)

[求助] 已知基因cDNA序列，如何确定基因全长已有2人参与

本人做现在想做和香气有关的TPS基因，在NCBI上搜索到了它的cDNA序列，但是在什么位置来设计引物来扩增它的基因全长呢？(PS:之前有一个做过的基因NCBI获得的cDNA序列是2500bp，文献鲜食它的基因全长是从200bp------2350bp，但是现在要做的这个基因没有查到文献，请各位指在什么位置设计引物，遵循什么规则？）
atggctctttccatgctttcttcaattcctaatctgatcacgcacacaagacttccaatcataataaaatccagcagctgtaaggcttctcctagaggaatcaaggtcaaaattggcaacagcaattgtgaggaaatcattgttaggcgaactgcaaactaccatcctaccatttgggactatgattatgtgcagtcactaagaagtgattatgtgggagaaacatacaccagaagacttgataagctaaagagagatgtgaagccaatgcttggcaaagtgaagaagcctttggatcagctggagctaatcgatgtcttgcaaaggcttggaatatattatcacttcaaggatgaaataaagagaatattgaacagcatatacaaccagtacaatcggcatgaagagtggcagaaagatgatttatacgcaacagctcttgaatttagactgttaaggcagcatggctatgatgtgcctcaagatgtttttagtagattcaaggacgatacagggagctttaaggcatgcctgtgtgaagatatgaagggaatgctctgcttgtacgaagcttcatacctttgtgtacaaggagaaagtaccatggagcaggccagagacttcgcacacagacatcttggaaagggccttgagcaaaacatagatcaaaatcttgccattgaggtgaaacatgccttagagcttccattgcattggagaatgccaaggttagaggcaaggtggttcatagacgtatacgagaaaagacaggacatgaatcctatcttgctggagtttgctaaattggacttcaatatggtacaagccacacaccaggaggatctaagacacatgtcaagctggtggagtagtacacgcctgggagaaaagttgaactttgctagggacaggctgatggagaatttcctatggactgtgggagtgatattcgagcctcagtatggatattgtaggagaatgtccacaaaggttaacacactcataacgataattgatgatgtttacgacgtttatggtacaatggatgaactcgagctttttacagatgttgttgacaggtgggatatcaatgcaatggatccacttccagagtacatgaagttgtgcttccttgctctctacaactccactaatgaaatggcttatgatgctctcaaggaacatggtttacacatcgtttcctatcttagaaaagcgtggtcagacttatgtaaatcctacttactggaggcaaagtggtactacagtagatatacaccaagcctacaagaatacattagcaattcatggatttcaatatcaggtcctgtaatactagtccatgcctattttcttgtcgcaaatccaatcaccaaggaggccttgcaatccttagagagatatcacaatattatccgttggtcatcaatgattttaaggctttcagatgatctgggaacatcactggatgagttgaaaagaggagatgttcccaagtcaatccagtgttacatgtatgaaactggtgcttctgaagaagacgcccgtaaacacacaagctatttgattggagagacatggaagaagctaaatgaagatggagctgtagagtctccattccctgaaacatttattggaattgcaatgaatcttgctaggatggcccagtgcatgtatcagcatggagatggacacgggattgaatatggtgaaactgaggatcgagtgttgtcattactcgttgagcccattcccagtttgagttttgaataa
整个cDNA序列为1773bp
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1楼2015-03-23 07:54:38
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王平阳

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
最简单的方法当然就是在ORF设计引物做RACE啦
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没有做不到，只有想不到！
2楼2015-03-23 09:39:30
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
旭旭大将军: 金币+5, ★有帮助 2015-03-23 10:54:38
目测可能你这条序列可能已经是ORF了，以atg开始，taa结尾，还需确认。如果你要扩增ORF区域就够了。
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3楼2015-03-23 10:20:54
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2015-03-23 10:20:54
目测可能你这条序列可能已经是ORF了，以atg开始，taa结尾，还需确认。如果你要扩增ORF区域就够了。

我就是想以cDNA为模板，扩增出这条基因的整个序列，但是不确定这个区域，怎么办呢？  按照你说的atg起始，taa终止这个能保证是完整的基因区间吗？
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4楼2015-03-23 10:58:10
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2015-03-23 10:20:54
目测可能你这条序列可能已经是ORF了，以atg开始，taa结尾，还需确认。如果你要扩增ORF区域就够了。

并且刚才搜索了一下 ，  在这段cds当中有很多 atgg和 taa
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5楼2015-03-23 11:01:55
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2015-03-26 22:13:54
NCBI上应该对这段序列有描述的，看看能不能翻译成一个完整的蛋白。网上没有的话，用这段序列直接翻译成蛋白，blast看看是不是所要的序列。确定后把引物放到ATG和TAA的位置就行了。
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6楼2015-03-23 13:27:23
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旭旭大将军

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by hanxiaominhu at 2015-03-23 13:27:23
NCBI上应该对这段序列有描述的，看看能不能翻译成一个完整的蛋白。网上没有的话，用这段序列直接翻译成蛋白，blast看看是不是所要的序列。确定后把引物放到ATG和TAA的位置就行了。

感谢你的回复

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001281287.1这个网址是我所要用的基因的mRNA序列，1773bp
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001268216.1这个网址是与之匹配的蛋白质序列,590aa
刚才你的回复我没太看明白，根据我这种情况，接下来该怎么做呢？请赐教
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7楼2015-03-23 17:15:32
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hanxiaominhu

至尊木虫 (著名写手)
你是要表达这个基因吗？是的话就要结合表达质粒去设计全长CDS的引物了，不能移码。
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8楼2015-03-24 08:03:42
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