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预防凯凯

新虫 (初入文坛)

[求助] 怎样确定一个已知基因两侧的未知序列 已有5人参与

我通过southern blot 的方法做了一下,发现检测量达不到10μg,根本检测不出来,阳性条带倒是出来了,然后我问了一下我们的老师,他说让我试一下单引物扩增,然后我在这个已知基因的下游设计了一个引物,PCR往下游扩增,送去测序,老是测不出来,怎么办,愁死了,我就是想鉴定一下,我研究的这个耐药基因是在质粒还是在染色体上,PS,单纯的用提质粒,基因组的方法扩增目的耐药基因,我们老师说不能很肯定地说明该基因是在染色体还是在质粒上,因为我要做缺失,来证明这个耐药基因的作用,所以这一点就非常重要,求大神指导,感激不尽。
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XOooZzz

银虫 (小有名气)

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预防凯凯(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-05-19 10:00:30
tail-PCR或者反向PCR。一般我喜欢反向。

如果你只是想知道它在质粒上还是染色体上,southern blot不就ok了?量不够,不能多提取些吗?提取1 L菌液如何?
2楼2014-05-17 22:03:32
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怎么都行

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-22 13:10:37
有些公司有这方面的试剂盒,我记得以前做的时候用的一个试剂盒叫genewalking
3楼2014-05-17 22:19:00
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-22 13:10:16
用染色体步移的方法可以扩侧翼序列。
4楼2014-05-18 08:55:45
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快乐农夫

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-22 13:10:22
染色体步移技术,或者做5`RACE和3`RACE,都可以
5楼2014-05-18 09:53:16
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石鸣涧

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-05-22 13:10:27
Pcr出来测序测不几出来意思就是可以扩增出来,那你可以先连个TA克隆,送质粒测序,成功率会高很多的.
6楼2014-05-19 09:47:03
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预防凯凯

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 夏天的普洱茶 at 2014-05-18 08:55:45
用染色体步移的方法可以扩侧翼序列。

能在具体点吗,我是新手,不是很懂
7楼2014-05-22 18:52:04
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夏天的普洱茶

木虫 (著名写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 预防凯凯 at 2014-05-22 18:52:04
能在具体点吗,我是新手,不是很懂...

你去搜一下染色体步移技术,里面包括很多种方法,包括ipcr,TAIL PCR等,都比较好用。我只做过TAIL PCR,参考的刘耀光的文章。另外也可以用5‘Race,3'race这些都是有试剂盒的。
8楼2014-05-22 19:50:43
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