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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 已知一个启动子序列，怎么知道它是否为特异性的？
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qiushuimeng

新虫 (著名写手)

[求助] 已知一个启动子序列，怎么知道它是否为特异性的？ 已有5人参与

如题，已经获得一个启动子了，想知道它是否为特异性，是通过信息学分析呢还是通过实验？请各位大侠帮帮我这个毫无头绪的初学者吧？学的太差，请大家别笑话！谢谢！
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1楼 2014-05-07 23:38:34
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
kx444555: 金币+3, 鼓励交流 2014-05-08 12:15:03
生物信息学就是序列分析和对比了
一般情况下，这种应该进行细胞转染实验
用你的启动子去启动一个荧光蛋白，然后看其表达的荧光蛋白分布

如果你是做动物的，那就是要做克隆了，在动物中表达
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天行健
3楼2014-05-08 09:48:18
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youlinglyw

荣誉版主 (著名写手)

一匡天下

优秀版主
★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-09 22:52:09
引用回帖:
5楼: Originally posted by qiushuimeng at 2014-05-08 17:37:01
谢谢你哈，做序列分析了，没发现什么呢。这位大侠，我说说我的思路你帮我看看对不对哈，假如是某个植物中的启动子，然后想知道它是不是组织特异性，比如是否只在胚珠中表达，可否通过反转录得到这个植株的各 ...

额，这个是一种思路，不过问题在于，你的启动子序列是不表达的啊。事实上，各个组织器官的cdna基本上涵盖了该植物大部分的蛋白表达，除了个别特异性的以外，所以容易出现一个问题就是，你的这个启动子如果不是非常特异的在某个组织表达（比如控制花粉），那么可能会在很多组织都检测出来。
一般我们都会选择主动出击，就是我说的那种克隆或转染。
当然，在这之前，你的方案是个很好而且很简单的思路，比较快捷
如果运气好的话，刚好非常特异，那你就中奖了哈
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qiushuimeng
天行健
6楼2014-05-08 22:36:05
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meng_xu

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by qiushuimeng at 2014-05-08 17:26:19
假如是某个植物中的启动子，然后想知道它是不是组织特异性，比如是否只在胚珠中表达，怎么弄？谢谢...

嗯，不是特别熟悉，不过如果观察是不是组织特异，比较好的办法可能是用荧光？
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7楼2014-05-09 03:32:13
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-31 16:10:08
生物信息学只是一个工具，给你实验提供方向的，最后还是需要实验论证的。
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8楼2014-05-09 04:37:25
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追随自由的心

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-09 22:52:20
引用回帖:
5楼: Originally posted by qiushuimeng at 2014-05-08 17:37:01
谢谢你哈，做序列分析了，没发现什么呢。这位大侠，我说说我的思路你帮我看看对不对哈，假如是某个植物中的启动子，然后想知道它是不是组织特异性，比如是否只在胚珠中表达，可否通过反转录得到这个植株的各 ...

如果是想做表达谱分析，建议克隆启动子序列，然后加上GUS报告基因，将载体转染你的植物，然后通过检测GUS的活性，可以具体看哪个组织，生长发育时期的特异性表达。其实研究启动子的方法有很多，比如酵母单杂，找蛋白与启动子结合的特异性，EMSA研究蛋白具体 与那几个特异碱基结合，promoter序列比对，肯定会有信息的，那种的box啊elements啊，或者其他的。
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快乐也是一种能力
9楼2014-05-09 10:30:22
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zzyzeus

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-05-31 16:10:26
找含有该启动子的基因
找一个包含你所做物种的（组织）特异性表达基因数据库
检索你得到的基因
看检索结果 是不是都集中在某一物种或某一组织

[ 发自小木虫客户端 ]
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14楼2014-05-11 21:47:32
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普通回帖

meng_xu

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
什么物种？你指的特异性是什么意思？
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2楼2014-05-08 07:50:21
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qiushuimeng

新虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by meng_xu at 2014-05-08 07:50:21
什么物种？你指的特异性是什么意思？

假如是某个植物中的启动子，然后想知道它是不是组织特异性，比如是否只在胚珠中表达，怎么弄？谢谢
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4楼2014-05-08 17:26:19
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qiushuimeng

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by youlinglyw at 2014-05-08 09:48:18
生物信息学就是序列分析和对比了
一般情况下，这种应该进行细胞转染实验
用你的启动子去启动一个荧光蛋白，然后看其表达的荧光蛋白分布

如果你是做动物的，那就是要做克隆了，在动物中表达

谢谢你哈，做序列分析了，没发现什么呢。这位大侠，我说说我的思路你帮我看看对不对哈，假如是某个植物中的启动子，然后想知道它是不是组织特异性，比如是否只在胚珠中表达，可否通过反转录得到这个植株的各个组织器官的CDNA，然后扩这个基因的CDS中某个片段，若P出来了就是说明此基因表达了，也就是此启动子发挥作用了？我对这方面不是很明白，有点迷糊，请指教，谢谢了
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5楼2014-05-08 17:37:01
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qiushuimeng

新虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 追随自由的心 at 2014-05-09 10:30:22
如果是想做表达谱分析，建议克隆启动子序列，然后加上GUS报告基因，将载体转染你的植物，然后通过检测GUS的活性，可以具体看哪个组织，生长发育时期的特异性表达。其实研究启动子的方法有很多，比如酵母单杂，找蛋 ...

谢谢你昂，现在就是做的连接GUS，但是转的是烟草，我做的植物吧现在转化系统还没有，所以转了烟草，但是呢，转了烟草后发现在各个部位都表达，额，这样能下结论吗?会不会物种也会有影响啊，也或者基因插入的位置影响了基因的表达。。。反正，就是感觉怪怪的，哎
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10楼2014-05-09 17:57:40
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