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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 求助 已知真菌基因组DNA序列如何预测cDNA序列？
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katrina_yao

铁虫 (初入文坛)

[求助] 求助 已知真菌基因组DNA序列如何预测cDNA序列？已有1人参与

请教各位，如何根据已知真菌基因组DNA序列预测cDNA序列，怎样才能预测到哪些是内含子，然后设计相应的特异性引物对反转录的cDNA进行PCR。谢谢啦~
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1楼2014-09-18 22:58:14
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
katrina_yao(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-09-19 16:35:08
试一下NCBI里头的blastX，应该可以大概给出一些同源蛋白，然后根据保守区推测开放阅读框。http://blast.st-va.ncbi.nlm.nih. ... ;LINK_LOC=blasthome
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katrina_yao
2楼2014-09-18 23:17:21
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katrina_yao

铁虫 (初入文坛)
送红花一朵
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2楼: Originally posted by liuderong at 2014-09-18 23:17:21
试一下NCBI里头的blastX，应该可以大概给出一些同源蛋白，然后根据保守区推测开放阅读框。http://blast.st-va.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastx&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome...

能否说具体些呢？得到了这样一个图，但我不会分析了···
求助 已知真菌基因组DNA序列如何预测cDNA序列？
QQ图片20140919202635.jpg
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3楼2014-09-19 20:27:00
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by katrina_yao at 2014-09-19 20:27:00
能否说具体些呢？得到了这样一个图，但我不会分析了···

QQ图片20140919202635.jpg
...

你的基因里有一个比较明显的PKS结构域。网站的结果里除了这个图外还会给出一些相似度比较高的蛋白序列，你仔细看看，找出这些相似高的蛋白就以它们为基础推测你的目的序列。
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4楼2014-09-19 22:53:24
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katrina_yao

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-09-19 22:53:24
你的基因里有一个比较明显的PKS结构域。网站的结果里除了这个图外还会给出一些相似度比较高的蛋白序列，你仔细看看，找出这些相似高的蛋白就以它们为基础推测你的目的序列。...

那是根据相似性高的蛋白的cDNA序列去推测我要的目的cDNA序列吗？
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5楼2014-09-24 10:30:59
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by katrina_yao at 2014-09-24 10:30:59
那是根据相似性高的蛋白的cDNA序列去推测我要的目的cDNA序列吗？...

根据蛋白来推断！蛋白的保守性比基因高很多，找出蛋白的保守结构域，然后一个氨基酸对应3个碱基推测cDNA
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6楼2014-09-24 19:14:41
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katrina_yao

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuderong at 2014-09-24 19:14:41
根据蛋白来推断！蛋白的保守性比基因高很多，找出蛋白的保守结构域，然后一个氨基酸对应3个碱基推测cDNA...

我刚开始接触分子生物学，可不可以再讲明白些呢？感激不尽
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7楼2014-09-25 19:50:29
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