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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于在NCBI上BLAST的结果分析
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阿南hmily

新虫 (小有名气)

[求助] 关于在NCBI上BLAST的结果分析 已有2人参与

最近在NCBI上将一株噬菌体和一株大肠杆菌序列进行了比对，出现了图中所示的结果，请问是什么意思？我该怎么分析呢？求大侠指教！

关于在NCBI上BLAST的结果分析
BLAST.jpg
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1楼 2014-12-22 10:39:50
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阿南hmily

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 11:55:28
这是以图形的形式展示比对结果，页面往下拉就可以看到序列匹配结果。你的序列好长，估计是网站显示不出来，或者要加载很长时间，你没等加载完就关闭页面了。你可以拿两个短一点的序列blast，一看就明白了。

我想将我刚测序的一株噬菌体和宿主菌的序列进行BLAST比对，那么进入下面的界面中，哪里添加噬菌体序列，哪里添加宿主菌序列？我标记出来的地方该怎么选择参数呢？
请指教！！十分感谢！！
关于在NCBI上BLAST的结果分析-1
360截图20141222165605906.jpg
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4楼2014-12-22 17:00:56
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阿南hmily

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 20:03:35
两条已知序列比对不是在这个网站页面的，要到这里http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=align2seq，里头有两个框，把你的两条序列放进去比对就行 ...

那上面我说的那个网站，对目标序列进行BLAST是与全部的基因序列对比出现的结果吗？
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6楼2014-12-22 20:42:42
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阿南hmily

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 20:50:24
是的...

十分感谢！我就是菜鸟一枚，以后有问题还要请教你！望多多指导啊！！！！
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8楼2014-12-22 20:54:03
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阿南hmily

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 20:50:24
是的...

十分不好意思，再问一下，下图中是噬菌体和大肠杆菌对比出来的结果，请问光看这图是说序列相似性很低，打分都在40分以下？因为看过其他的图下面都有红绿蓝等颜色的横线
另外，同源性怎么看？
谢谢！
关于在NCBI上BLAST的结果分析-2
BLAST.jpg
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9楼2014-12-22 21:25:19
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阿南hmily

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 20:50:24
是的...

嘿嘿，再问一个问题：在对比结果页面中，点击箭头所示的红色方框，出现最下面图，是表达什么信息？这个图该怎么看？那条是噬菌体序列那条是宿主菌序列？毫无头绪，请指导！
谢谢！谢谢！谢谢！
关于在NCBI上BLAST的结果分析-3
流程.jpg


关于在NCBI上BLAST的结果分析-4
图解.jpg
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10楼2014-12-22 21:29:58
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阿南hmily

新虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 21:41:52
blast是做局部比对的，适合短序列，不适合基因组级别的序列。你的序列很长，建议到百度搜一下基因组比对软件。比对软件给出的都是相似性，也就是有多少相同和多少不同，而无法给出同源性。还有同源性是针对基因来说 ...

非常感谢！
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13楼2014-12-23 12:46:11
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