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阿南hmily

新虫 (小有名气)

[求助] 关于在NCBI上BLAST的结果分析 已有2人参与

最近在NCBI上将一株噬菌体和一株大肠杆菌序列进行了比对,出现了图中所示的结果,请问是什么意思?我该怎么分析呢?求大侠指教!

关于在NCBI上BLAST的结果分析
BLAST.jpg
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阿南hmily

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
11楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 21:41:52
blast是做局部比对的,适合短序列,不适合基因组级别的序列。你的序列很长,建议到百度搜一下基因组比对软件。比对软件给出的都是相似性,也就是有多少相同和多少不同,而无法给出同源性。还有同源性是针对基因来说 ...

非常感谢!
13楼2014-12-23 12:46:11
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fangbeibei99

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是不是比对的方法不对啊!两个序列的比对结果怎么会是这样的!
微信公众号BioHook学生物就是这么任性
2楼2014-12-22 11:35:23
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这是以图形的形式展示比对结果,页面往下拉就可以看到序列匹配结果。你的序列好长,估计是网站显示不出来,或者要加载很长时间,你没等加载完就关闭页面了。你可以拿两个短一点的序列blast,一看就明白了。
3楼2014-12-22 11:55:28
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阿南hmily

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 11:55:28
这是以图形的形式展示比对结果,页面往下拉就可以看到序列匹配结果。你的序列好长,估计是网站显示不出来,或者要加载很长时间,你没等加载完就关闭页面了。你可以拿两个短一点的序列blast,一看就明白了。

我想将我刚测序的一株噬菌体和宿主菌的序列进行BLAST比对,那么进入下面的界面中,哪里添加噬菌体序列,哪里添加宿主菌序列?我标记出来的地方该怎么选择参数呢?
请指教!!十分感谢!!
关于在NCBI上BLAST的结果分析-1
360截图20141222165605906.jpg

4楼2014-12-22 17:00:56
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