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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 关于在NCBI上BLAST的结果分析
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阿南hmily

新虫 (小有名气)

[求助] 关于在NCBI上BLAST的结果分析 已有2人参与

最近在NCBI上将一株噬菌体和一株大肠杆菌序列进行了比对，出现了图中所示的结果，请问是什么意思？我该怎么分析呢？求大侠指教！

关于在NCBI上BLAST的结果分析
BLAST.jpg
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1楼 2014-12-22 10:39:50
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 阿南hmily at 2014-12-22 21:25:19
十分不好意思，再问一下，下图中是噬菌体和大肠杆菌对比出来的结果，请问光看这图是说序列相似性很低，打分都在40分以下？因为看过其他的图下面都有红绿蓝等颜色的横线
另外，同源性怎么看？
谢谢！

BLAST.jpg
...

blast是做局部比对的，适合短序列，不适合基因组级别的序列。你的序列很长，建议到百度搜一下基因组比对软件。比对软件给出的都是相似性，也就是有多少相同和多少不同，而无法给出同源性。还有同源性是针对基因来说的，基因组没有“同源”的说法。感觉你还得跟你同学或者导师讨论一下比对的目的和方法。
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阿南hmily
11楼2014-12-22 21:41:52
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fangbeibei99

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
是不是比对的方法不对啊！两个序列的比对结果怎么会是这样的！
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微信公众号BioHook学生物就是这么任性
2楼2014-12-22 11:35:23
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
这是以图形的形式展示比对结果，页面往下拉就可以看到序列匹配结果。你的序列好长，估计是网站显示不出来，或者要加载很长时间，你没等加载完就关闭页面了。你可以拿两个短一点的序列blast，一看就明白了。
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3楼2014-12-22 11:55:28
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阿南hmily

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 11:55:28
这是以图形的形式展示比对结果，页面往下拉就可以看到序列匹配结果。你的序列好长，估计是网站显示不出来，或者要加载很长时间，你没等加载完就关闭页面了。你可以拿两个短一点的序列blast，一看就明白了。

我想将我刚测序的一株噬菌体和宿主菌的序列进行BLAST比对，那么进入下面的界面中，哪里添加噬菌体序列，哪里添加宿主菌序列？我标记出来的地方该怎么选择参数呢？
请指教！！十分感谢！！
关于在NCBI上BLAST的结果分析-1
360截图20141222165605906.jpg
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4楼2014-12-22 17:00:56
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