24小时热门版块排行榜    

查看: 2968  |  回复: 12
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

阿南hmily

新虫 (小有名气)

[求助] 关于在NCBI上BLAST的结果分析 已有2人参与

最近在NCBI上将一株噬菌体和一株大肠杆菌序列进行了比对,出现了图中所示的结果,请问是什么意思?我该怎么分析呢?求大侠指教!

关于在NCBI上BLAST的结果分析
BLAST.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by 阿南hmily at 2014-12-22 21:25:19
十分不好意思,再问一下,下图中是噬菌体和大肠杆菌对比出来的结果,请问光看这图是说序列相似性很低,打分都在40分以下?因为看过其他的图下面都有红绿蓝等颜色的横线
另外,同源性怎么看?
谢谢!

BLAST.jpg
...

blast是做局部比对的,适合短序列,不适合基因组级别的序列。你的序列很长,建议到百度搜一下基因组比对软件。比对软件给出的都是相似性,也就是有多少相同和多少不同,而无法给出同源性。还有同源性是针对基因来说的,基因组没有“同源”的说法。感觉你还得跟你同学或者导师讨论一下比对的目的和方法。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

11楼2014-12-22 21:41:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 13 个回答

fangbeibei99

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
是不是比对的方法不对啊!两个序列的比对结果怎么会是这样的!
微信公众号BioHook学生物就是这么任性
2楼2014-12-22 11:35:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
这是以图形的形式展示比对结果,页面往下拉就可以看到序列匹配结果。你的序列好长,估计是网站显示不出来,或者要加载很长时间,你没等加载完就关闭页面了。你可以拿两个短一点的序列blast,一看就明白了。
3楼2014-12-22 11:55:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

阿南hmily

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by liuderong at 2014-12-22 11:55:28
这是以图形的形式展示比对结果,页面往下拉就可以看到序列匹配结果。你的序列好长,估计是网站显示不出来,或者要加载很长时间,你没等加载完就关闭页面了。你可以拿两个短一点的序列blast,一看就明白了。

我想将我刚测序的一株噬菌体和宿主菌的序列进行BLAST比对,那么进入下面的界面中,哪里添加噬菌体序列,哪里添加宿主菌序列?我标记出来的地方该怎么选择参数呢?
请指教!!十分感谢!!
关于在NCBI上BLAST的结果分析-1
360截图20141222165605906.jpg

4楼2014-12-22 17:00:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 极限拉扯,如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗? 200+5 David1982 2026-10-13 8/400 2026-10-14 21:38 by lhw_GPA4.0
[硕博家园] 中科院海洋所招收海洋材料相关领域博士研究生及研究助理 +3 sujiner 2026-10-08 4/200 2026-10-14 20:40 by qicaiyun
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +4 好运来~9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:34 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
[有机交流] 各位大佬,路线设计求助 +6 zapen 2026-10-08 8/400 2026-10-10 15:59 by zapen
[有机交流] 我应该选哪条合成路线让实验成功率高一些? +5 jing816y 2026-10-08 9/450 2026-10-10 09:05 by zapen
信息提示
请填处理意见