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chendi1989

铁虫 (初入文坛)

[求助] ncbi比对分析，哪位大神可以帮助我分析一下这个情况是怎么回事啊？ 已有2人参与

ncbi比对分析，哪位大神可以帮助我分析一下这个情况是怎么回事啊？怎么zip基因家族比对会不完全？

ncbi比对分析，哪位大神可以帮助我分析一下这个情况是怎么回事啊？
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吾生也有涯，而知也无涯！
1楼 2014-05-22 17:36:36
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-23 22:03:01
为什么说zip基因家族比对不完全？比对结果只是说你的序列里有一段编码zip基因家族蛋白结构域。
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2楼2014-05-23 00:49:59
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chendi1989: 金币+1 2014-05-23 10:34:20
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-23 22:03:13
图上说这个图是从120个BLAST 结果产生的，而这个BLAST结果取决于你递交的序列。这个只能说明你的序列只是zip的部分
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3楼2014-05-23 07:10:34
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chendi1989

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-23 00:49:59
为什么说zip基因家族比对不完全？比对结果只是说你的序列里有一段编码zip基因家族蛋白结构域。

我的这段序列是ORF,比对出来的zip基因家族中间怎么会有空的？他们的都没这种情况啊？郁闷
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吾生也有涯，而知也无涯！
4楼2014-05-23 10:13:31
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chendi1989

铁虫 (初入文坛)
我的这段序列是ORF,比对出来的zip基因家族中间怎么会有空的？他们的都没这种情况啊？郁闷
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吾生也有涯，而知也无涯！
5楼2014-05-23 10:13:55
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香，分子生物期待你更多精彩。 2014-05-23 22:03:22
可能你发现了一个新的isoform，少了一个exon
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6楼2014-05-23 18:50:38
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chendi1989: 金币+3, ★有帮助 2014-05-26 20:13:54
引用回帖:
4楼: Originally posted by chendi1989 at 2014-05-23 10:13:31
我的这段序列是ORF,比对出来的zip基因家族中间怎么会有空的？他们的都没这种情况啊？郁闷...

我认为出现空的原因是blast服务器在比对你的序列时，认为你的序列中存在两个非复杂区（就是那两个蓝色位置），而非复杂区在分析结构域时会被过滤，所以比对结果显示时就有一段空。
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7楼2014-05-24 00:26:59
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chendi1989

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-24 00:26:59
我认为出现空的原因是blast服务器在比对你的序列时，认为你的序列中存在两个非复杂区（就是那两个蓝色位置），而非复杂区在分析结构域时会被过滤，所以比对结果显示时就有一段空。...

弱弱的问一句，什么叫非复杂区？有什么作用？
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吾生也有涯，而知也无涯！
8楼2014-05-26 08:32:47
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by chendi1989 at 2014-05-26 08:32:47
弱弱的问一句，什么叫非复杂区？有什么作用？...

一般认为没什么作用，所以搜索结构域时才被过滤，通常认为有功能的区域或位点应具有特定的模式或序列。
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9楼2014-05-26 20:42:51
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