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chendi1989

铁虫 (初入文坛)

[求助] ncbi比对分析,哪位大神可以帮助我分析一下这个情况是怎么回事啊? 已有2人参与

ncbi比对分析,哪位大神可以帮助我分析一下这个情况是怎么回事啊?怎么zip基因家族比对会不完全?

ncbi比对分析,哪位大神可以帮助我分析一下这个情况是怎么回事啊?
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吾生也有涯,而知也无涯!
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-05-23 22:03:01
为什么说zip基因家族比对不完全?比对结果只是说你的序列里有一段编码zip基因家族蛋白结构域。
2楼2014-05-23 00:49:59
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
chendi1989: 金币+1 2014-05-23 10:34:20
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-05-23 22:03:13
图上说这个图是从120个BLAST 结果产生的,而这个BLAST结果取决于你递交的序列。这个只能说明你的序列只是zip的部分
3楼2014-05-23 07:10:34
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chendi1989

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-23 00:49:59
为什么说zip基因家族比对不完全?比对结果只是说你的序列里有一段编码zip基因家族蛋白结构域。

我的这段序列是ORF,比对出来的zip基因家族中间怎么会有空的?他们的都没这种情况啊?郁闷
吾生也有涯,而知也无涯!
4楼2014-05-23 10:13:31
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chendi1989

铁虫 (初入文坛)

我的这段序列是ORF,比对出来的zip基因家族中间怎么会有空的?他们的都没这种情况啊?郁闷
吾生也有涯,而知也无涯!
5楼2014-05-23 10:13:55
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wizardfan

至尊木虫 (著名写手)

优秀版主

【答案】应助回帖


myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-05-23 22:03:22
可能你发现了一个新的isoform,少了一个exon
6楼2014-05-23 18:50:38
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
chendi1989: 金币+3, 有帮助 2014-05-26 20:13:54
引用回帖:
4楼: Originally posted by chendi1989 at 2014-05-23 10:13:31
我的这段序列是ORF,比对出来的zip基因家族中间怎么会有空的?他们的都没这种情况啊?郁闷...

我认为出现空的原因是blast服务器在比对你的序列时,认为你的序列中存在两个非复杂区(就是那两个蓝色位置),而非复杂区在分析结构域时会被过滤,所以比对结果显示时就有一段空。
7楼2014-05-24 00:26:59
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chendi1989

铁虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by stone2239 at 2014-05-24 00:26:59
我认为出现空的原因是blast服务器在比对你的序列时,认为你的序列中存在两个非复杂区(就是那两个蓝色位置),而非复杂区在分析结构域时会被过滤,所以比对结果显示时就有一段空。...

弱弱的问一句,什么叫非复杂区?有什么作用?
吾生也有涯,而知也无涯!
8楼2014-05-26 08:32:47
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by chendi1989 at 2014-05-26 08:32:47
弱弱的问一句,什么叫非复杂区?有什么作用?...

一般认为没什么作用,所以搜索结构域时才被过滤,通常认为有功能的区域或位点应具有特定的模式或序列。
9楼2014-05-26 20:42:51
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