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风来风去com

铜虫 (初入文坛)

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[求助] 引物设计保护性碱基问题已有4人参与

我需要在目的基因两端设计引物，但是引物前面的GC含量太低，后面的GC含量太高，上游引物的酶切位点想用BamH1或者Nde1，下游引物的酶切位点用Xho1，加上在网上查到的保护性碱基还是上游引物GC太低，下游引物GC含量太高，想问一下保护性碱基可以随便加吗？BamH1和Nde1 ，Xho1还可以加哪些保护性碱基？谢谢了
在是在网上查到的保护性碱基
Nde1          CATATG
            CCATATG
            CCCATATG
         CGCCATATG
   GGGTTTCATATG
GGAATTCCATATG
  GGGAATTCCATATG

Bamh1       GGATCC
            CGGATCC
            CGGGATCC
         CGCGGATCC

Xho1……….CTCGAGG
               CTCGAGGG
            CTCGAGCGG

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1楼 2014-11-13 12:44:46

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意萧02

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随便加，保持GC和AT大概相等就可以了。

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5楼2014-11-13 18:48:08

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xfxycy3090

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引物的参数什么的，不要太当真，迫不得已的时候随便设计引物优化PCR试一试，简并引物还不是可以扩出来。

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2楼2014-11-13 13:02:48

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2楼: Originally posted by xfxycy3090 at 2014-11-13 13:02:48
引物的参数什么的，不要太当真，迫不得已的时候随便设计引物优化PCR试一试，简并引物还不是可以扩出来。

Nde1  CGCCATATGatgatgaaagtattaattgttgaaagcg
长度37  TM  69.2  GC% 35.1
Bamh1 CGCGGATCCatgatgaaagtattaattgttg
长度31  TM  64.9  GC% 38.7
下游引物Xho1 GCTCGAGTTACGCTTTCACGCACATAACGT
长度30  TM  74  GC% 50
我不会上图
需要基因序列吗？

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3楼2014-11-13 14:07:17

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