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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 引物设计保护性碱基问题
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风来风去com

铜虫 (初入文坛)

[求助] 引物设计保护性碱基问题 已有4人参与

我需要在目的基因两端设计引物，但是引物前面的GC含量太低，后面的GC含量太高，上游引物的酶切位点想用BamH1或者Nde1，下游引物的酶切位点用Xho1，加上在网上查到的保护性碱基还是上游引物GC太低，下游引物GC含量太高，想问一下保护性碱基可以随便加吗？BamH1和Nde1 ，Xho1还可以加哪些保护性碱基？谢谢了
在是在网上查到的保护性碱基
Nde1           CATATG
                CCATATG
              CCCATATG
            CGCCATATG     
      GGGTTTCATATG
    GGAATTCCATATG
  GGGAATTCCATATG

Bamh1        GGATCC
                CGGATCC
              CGGGATCC   
            CGCGGATCC   

Xho1……….CTCGAGG
                 CTCGAGGG
                CTCGAGCGG
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1楼 2014-11-13 12:44:46
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xfxycy3090

捐助贵宾 (小有名气)

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风来风去com: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-11-17 09:50:07
引物的参数什么的，不要太当真，迫不得已的时候随便设计引物优化PCR试一试，简并引物还不是可以扩出来。
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2楼2014-11-13 13:02:48
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风来风去com

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by xfxycy3090 at 2014-11-13 13:02:48
引物的参数什么的，不要太当真，迫不得已的时候随便设计引物优化PCR试一试，简并引物还不是可以扩出来。

Nde1  CGCCATATGatgatgaaagtattaattgttgaaagcg
长度37  TM  69.2  GC% 35.1
Bamh1   CGCGGATCCatgatgaaagtattaattgttg
长度31  TM  64.9  GC% 38.7
下游引物Xho1   GCTCGAGTTACGCTTTCACGCACATAACGT
长度30  TM  74  GC% 50
我不会上图
需要基因序列吗？
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3楼2014-11-13 14:07:17
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weigh1111

铁杆木虫 (正式写手)

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至少我们实验室保护碱基是随便加的，别搞出发夹结构之类的就好~一般都是加4个左右平衡一下引物的GC比
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4楼2014-11-13 14:18:40
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意萧02

木虫 (正式写手)

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随便加，保持GC和AT大概相等就可以了。
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5楼2014-11-13 18:48:08
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意萧02

木虫 (正式写手)

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引用回帖:
5楼: Originally posted by 意萧02 at 2014-11-13 18:48:08
随便加，保持GC和AT大概相等就可以了。

不过最好和两端的连接端的碱基能配对
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6楼2014-11-13 18:49:58
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

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保护碱基随便加，2个就行，即使不加也可以。至于保护碱基对GC含量的影响半点关系都没有。
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7楼2014-11-13 20:02:02
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