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monkey_pxs

金虫 (小有名气)

[求助] 关于设计引物时终止密码子是否可以直接敲掉的问题 已有1人参与

我在设计一个引物克隆目的基因片段,由于考虑到后续的基因表达,所以在设计引物的时候想着是否可以直接把终止密码子(终止密码子刚好是最后三个碱基)敲掉不用,或者将终止密码子替换成其他的碱基(考虑GC比)?
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人只有在真正做事过程中才会明白以前想的那些压抑难受什么的都是太闲了想多了的结果。
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litter_wai

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
9楼: Originally posted by monkey_pxs at 2014-10-16 23:13:06
还有,保护性碱基是怎么算的啊,我怎么加才叫加的是保护性碱基?好吧,问题比较傻,呵呵...

删掉终止密码子完全没问题,也可以不考虑补加碱基,酶切位点保护碱基的密码子最终不会出现在表达载体上

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  • 附件 1 : 酶切位点保护碱基.doc
  • 2014-10-19 16:15:00, 65.5 K
13楼2014-10-19 16:14:58
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
据我所知是可以的哦

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-10-16 22:05:10
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monkey_pxs

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-10-16 22:05:10
据我所知是可以的哦

恩,那我可以不可以替换掉,比如为了满足GC比将TAA换成CGG或者其他碱基之类的?
人只有在真正做事过程中才会明白以前想的那些压抑难受什么的都是太闲了想多了的结果。
3楼2014-10-16 22:36:43
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
3楼: Originally posted by monkey_pxs at 2014-10-16 22:36:43
恩,那我可以不可以替换掉,比如为了满足GC比将TAA换成CGG或者其他碱基之类的?...

不替换也可以吧

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-10-16 22:45:54
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monkey_pxs

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-10-16 22:45:54
不替换也可以吧
...

恩,我知道直接不要就可以了,但是为了满足GC含量我可否就是设计引物的时候把原来终止密码子的碱基换成其他的,这样在实际操作的时候会否有影响?或者理论是否可行?
人只有在真正做事过程中才会明白以前想的那些压抑难受什么的都是太闲了想多了的结果。
5楼2014-10-16 22:48:04
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by monkey_pxs at 2014-10-16 22:48:04
恩,我知道直接不要就可以了,但是为了满足GC含量我可否就是设计引物的时候把原来终止密码子的碱基换成其他的,这样在实际操作的时候会否有影响?或者理论是否可行?...

没试过啊不能瞎说

[ 发自小木虫客户端 ]
6楼2014-10-16 23:07:33
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monkey_pxs

金虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-10-16 23:07:33
没试过啊不能瞎说
...

呵呵。好吧,那理论呢,换个说法,就类似于佳保护性碱基,我就是把那个ATT敲掉不用,然后在5'端加几个保护性碱基而已,这样理论可行吗?
人只有在真正做事过程中才会明白以前想的那些压抑难受什么的都是太闲了想多了的结果。
7楼2014-10-16 23:11:14
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yuguiyan

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
7楼: Originally posted by monkey_pxs at 2014-10-16 23:11:14
呵呵。好吧,那理论呢,换个说法,就类似于佳保护性碱基,我就是把那个ATT敲掉不用,然后在5'端加几个保护性碱基而已,这样理论可行吗?...

可行

[ 发自小木虫客户端 ]
8楼2014-10-16 23:11:54
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monkey_pxs

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by yuguiyan at 2014-10-16 23:11:54
可行
...

还有,保护性碱基是怎么算的啊,我怎么加才叫加的是保护性碱基?好吧,问题比较傻,呵呵
人只有在真正做事过程中才会明白以前想的那些压抑难受什么的都是太闲了想多了的结果。
9楼2014-10-16 23:13:06
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lf6220

至尊木虫 (著名写手)

当然可以替换了,有个酶切位点保护碱基表,你可以百度一下

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
10楼2014-10-17 07:35:26
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