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kiki1289

银虫 (小有名气)

[求助] 16S rDNA测序结果无法拼接疑问 已有4人参与

16S rDNA测序结果回来了,大部分序列显示无法拼接,我用DNAMAN拼接也失败了。想问问各位师兄师姐:
1.如果序列无法拼接,是否就无法进行比对,并构建进化树了?
2.能不能就用单向的序列进行BLAST?可信度高不?
3.有没有强大的软件能解决这个问题?
感激不尽!!
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
什么测序方法呀?paired-end reads的拼接?我习惯用FLASH软件做paired-end拼接
2楼2014-10-16 14:01:51
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不拼接也是可以做系统发育分析的,blast也没什么问题。无非是短一点而已。100多bp的序列做系统发育都没啥问题
3楼2014-10-16 14:03:27
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kiki1289

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-16 14:03:27
不拼接也是可以做系统发育分析的,blast也没什么问题。无非是短一点而已。100多bp的序列做系统发育都没啥问题

问了测序公司,他说样品不纯,双峰,不能做系统发育树和鉴定。结果会不准确。
4楼2014-10-17 17:48:45
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)


kiki1289(dllchina代发): 金币+1, 多多交流 2014-10-18 23:29:07
引用回帖:
4楼: Originally posted by kiki1289 at 2014-10-17 17:48:45
问了测序公司,他说样品不纯,双峰,不能做系统发育树和鉴定。结果会不准确。...

哦,你说的是sanger测序啊,双峰结果确实不能用,不是单克隆。
5楼2014-10-17 17:55:18
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
kiki1289(dllchina代发): 金币+1, 多多交流 2014-10-18 23:29:22
引用回帖:
4楼: Originally posted by kiki1289 at 2014-10-17 17:48:45
问了测序公司,他说样品不纯,双峰,不能做系统发育树和鉴定。结果会不准确。...

双峰的话的确是没有办法了,得到的结果是错误的序列,所以无法拼接。单向blast也不行的。
你是PCR产物直接测序,还是挑单克隆测序?
建议重新挑单克隆测序看看。
6楼2014-10-18 09:31:44
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xlMAR

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果楼主想得到almost-complete序列的话
就TA克隆之后再测序呗
7楼2014-10-19 14:39:48
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donglihuoche

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你是16S全长测序还是v4区测序?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
有几十个美女说我帅,我没有承认;她们就用砖头打我,说我撒谎......
8楼2014-10-20 15:17:48
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