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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 16S rDNA测序结果无法拼接疑问
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kiki1289

银虫 (小有名气)

[求助] 16S rDNA测序结果无法拼接疑问 已有4人参与

16S rDNA测序结果回来了，大部分序列显示无法拼接，我用DNAMAN拼接也失败了。想问问各位师兄师姐：
1.如果序列无法拼接，是否就无法进行比对，并构建进化树了？
2.能不能就用单向的序列进行BLAST？可信度高不？
3.有没有强大的软件能解决这个问题？
感激不尽！！
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1楼 2014-10-15 21:47:16
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
什么测序方法呀？paired-end reads的拼接？我习惯用FLASH软件做paired-end拼接
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2楼2014-10-16 14:01:51
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

不拼接也是可以做系统发育分析的，blast也没什么问题。无非是短一点而已。100多bp的序列做系统发育都没啥问题
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3楼2014-10-16 14:03:27
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kiki1289

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by peterrjp at 2014-10-16 14:03:27
不拼接也是可以做系统发育分析的，blast也没什么问题。无非是短一点而已。100多bp的序列做系统发育都没啥问题

问了测序公司，他说样品不纯，双峰，不能做系统发育树和鉴定。结果会不准确。
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4楼2014-10-17 17:48:45
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peterrjp

铁杆木虫 (著名写手)
★
kiki1289(dllchina代发): 金币+1, 多多交流 2014-10-18 23:29:07
引用回帖:
4楼: Originally posted by kiki1289 at 2014-10-17 17:48:45
问了测序公司，他说样品不纯，双峰，不能做系统发育树和鉴定。结果会不准确。...

哦，你说的是sanger测序啊，双峰结果确实不能用，不是单克隆。
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5楼2014-10-17 17:55:18
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
kiki1289(dllchina代发): 金币+1, 多多交流 2014-10-18 23:29:22
引用回帖:
4楼: Originally posted by kiki1289 at 2014-10-17 17:48:45
问了测序公司，他说样品不纯，双峰，不能做系统发育树和鉴定。结果会不准确。...

双峰的话的确是没有办法了，得到的结果是错误的序列，所以无法拼接。单向blast也不行的。
你是PCR产物直接测序，还是挑单克隆测序？
建议重新挑单克隆测序看看。
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6楼2014-10-18 09:31:44
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xlMAR

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

如果楼主想得到almost-complete序列的话
就TA克隆之后再测序呗
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7楼2014-10-19 14:39:48
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donglihuoche

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

你是16S全长测序还是v4区测序？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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有几十个美女说我帅，我没有承认；她们就用砖头打我，说我撒谎......
8楼2014-10-20 15:17:48
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