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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 实验/技术 » 求问 关于测序深度的问题
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18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)

[求助] 求问 关于测序深度的问题 已有1人参与

做了定量PCR和454高通量测序
现在得到测序的coverage指数在80%-90%左右
这样可以写到文章里面去么。

请问一下指数大概在多少可以证明这次测序是合理的呢~！
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一只自言自语被偷走的心~
1楼 2014-02-16 10:26:15
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csumaliyuan

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
18aixiaoxi: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-02-16 12:10:05
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助！ 2014-02-16 21:44:41
18aixiaoxi: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-02-17 10:48:01
覆盖度和深度都要考虑，80-90%可能有点低了。

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2楼2014-02-16 11:56:08
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18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by csumaliyuan at 2014-02-16 11:56:08
覆盖度和深度都要考虑，80-90%可能有点低了。

因为做了3个相似水平，90%95%还有97%。
97%在80%  其他都在90%左右。
那如果不把coverage指数写上去，只写出ace shannon这些指数的计算结果。会不会对文章有影响呢？

谢谢您的回答。
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一只自言自语被偷走的心~
3楼2014-02-16 12:09:46
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muji9908

铁虫 (小有名气)
请问你测的是什么？单一菌株，还是环境宏基因组？
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4楼2014-02-18 09:09:15
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18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by muji9908 at 2014-02-18 09:09:15
请问你测的是什么？单一菌株，还是环境宏基因组？

是污泥的微生物总量。
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一只自言自语被偷走的心~
5楼2014-02-18 10:22:56
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一苇饭

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 18aixiaoxi at 2014-02-16 12:09:46
因为做了3个相似水平，90%95%还有97%。
97%在80%  其他都在90%左右。
那如果不把coverage指数写上去，只写出ace shannon这些指数的计算结果。会不会对文章有影响呢？

谢谢您的回答。...

楼主，请问问题解决了没有？指数多大才能说明测序数据合理呢？
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6楼2015-09-17 16:27:28
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