24小时热门版块排行榜    

查看: 2166  |  回复: 5

18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)

[求助] 求问 关于测序深度的问题 已有1人参与

做了定量PCR和454高通量测序
现在得到测序的coverage指数在80%-90%左右
这样可以写到文章里面去么。

请问一下指数大概在多少可以证明这次测序是合理的呢~!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

一只自言自语被偷走的心~
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

csumaliyuan

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
18aixiaoxi: 金币+1, ★★★很有帮助 2014-02-16 12:10:05
laozuzunzhe: 金币+1, 鼓励应助! 2014-02-16 21:44:41
18aixiaoxi: 金币+5, ★★★★★最佳答案 2014-02-17 10:48:01
覆盖度和深度都要考虑,80-90%可能有点低了。

[ 发自小木虫客户端 ]
2楼2014-02-16 11:56:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by csumaliyuan at 2014-02-16 11:56:08
覆盖度和深度都要考虑,80-90%可能有点低了。

因为做了3个相似水平,90%95%还有97%。
97%在80%  其他都在90%左右。
那如果不把coverage指数写上去,只写出ace shannon这些指数的计算结果。会不会对文章有影响呢?

谢谢您的回答。
一只自言自语被偷走的心~
3楼2014-02-16 12:09:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

muji9908

铁虫 (小有名气)

请问你测的是什么?单一菌株,还是环境宏基因组?
4楼2014-02-18 09:09:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by muji9908 at 2014-02-18 09:09:15
请问你测的是什么?单一菌株,还是环境宏基因组?

是污泥的微生物总量。
一只自言自语被偷走的心~
5楼2014-02-18 10:22:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

一苇饭

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 18aixiaoxi at 2014-02-16 12:09:46
因为做了3个相似水平,90%95%还有97%。
97%在80%  其他都在90%左右。
那如果不把coverage指数写上去,只写出ace shannon这些指数的计算结果。会不会对文章有影响呢?

谢谢您的回答。...

楼主,请问问题解决了没有?指数多大才能说明测序数据合理呢?
6楼2015-09-17 16:27:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 18aixiaoxi 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 建议基金发布提前给出明确的时间点 +4 kulium 2026-08-21 5/250 2026-08-21 17:45 by Equinoxhua
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 让我中一个面上吧! +11 大萍1987 2026-08-20 13/650 2026-08-21 14:48 by 20120902066
[基金申请] 人气不行了 +7 fansofjerry 2026-08-21 7/350 2026-08-21 14:13 by Vivilian
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +15 医学老男孩 2026-08-20 18/900 2026-08-21 13:46 by 医学老男孩
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[基金申请] 我面上完蛋了 +7 且听虎啸 2026-08-20 8/400 2026-08-21 12:31 by 酷酷墨镜
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +23 yaoyewhu2008 2026-08-20 25/1250 2026-08-21 12:19 by Poppy1104
[基金申请] 什么时候开奖? +7 CrisMessi 2026-08-18 7/350 2026-08-21 12:15 by weiyin
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +15 kkkl_v 2026-08-19 16/800 2026-08-21 11:22 by 365372687
[基金申请] 科研孤儿太难了 +15 我4大白菜 2026-08-20 16/800 2026-08-21 11:07 by yming1319
[基金申请] 放榜前的不淡定 40+4 snowwithsea 2026-08-19 13/650 2026-08-21 08:30 by 北京莱茵编辑
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +4 archvillain 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:10 by gatelove
[基金申请] 估计是周四 +3 archvillain 2026-08-18 3/150 2026-08-21 01:48 by jnhyjjm
[基金申请] 今天系统多次维护,明天很可能放榜! +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 重要消息,中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 今天放榜吗? +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[精细化工] 招聘 金属平磨液,抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
信息提示
请填处理意见