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18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)

[求助] 求问 关于测序深度的问题 已有1人参与

做了定量PCR和454高通量测序
现在得到测序的coverage指数在80%-90%左右
这样可以写到文章里面去么。

请问一下指数大概在多少可以证明这次测序是合理的呢~!
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一只自言自语被偷走的心~
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18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by csumaliyuan at 2014-02-16 11:56:08
覆盖度和深度都要考虑,80-90%可能有点低了。

因为做了3个相似水平,90%95%还有97%。
97%在80%  其他都在90%左右。
那如果不把coverage指数写上去,只写出ace shannon这些指数的计算结果。会不会对文章有影响呢?

谢谢您的回答。
一只自言自语被偷走的心~
3楼2014-02-16 12:09:46
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18aixiaoxi

银虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by muji9908 at 2014-02-18 09:09:15
请问你测的是什么?单一菌株,还是环境宏基因组?

是污泥的微生物总量。
一只自言自语被偷走的心~
5楼2014-02-18 10:22:56
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