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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 兼并引物的设计
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小毛驴的一天

新虫 (初入文坛)

[求助] 兼并引物的设计 已有2人参与

最近做甘薯转录因子DREB/CBF的克隆，可是设计的几对兼并引物一直P不出来，求高手指点！
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1楼 2014-09-23 22:36:31
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bwangel

银虫 (小有名气)
....问的具体点，或者拿出序列和设计的引物来，看看问题在哪
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2楼2014-09-24 12:19:41
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小毛驴的一天

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by bwangel at 2014-09-24 12:19:41
....问的具体点，或者拿出序列和设计的引物来，看看问题在哪

GenBank: EF433457.1,这是已报到的有关SwDREB1的序列，现在想克隆它的同源家族成员。附件里是通过与其他物种的DREB1/DREB2比对设计的引物。
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  • 附件 1 : SwDREB1引物.doc
    • 2014-09-24 13:49:21, 37 K
3楼2014-09-24 13:51:28
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bwangel

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-09-25 12:40:56
看了你的引物，有分析出保守区域么？怎么我看了前面几个感觉有点混乱，前4个现成的，也有点扩增效率差，后面的没仔细看，你一个都没跑出来？
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4楼2014-09-24 22:25:58
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小毛驴的一天

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by bwangel at 2014-09-24 22:25:58
看了你的引物，有分析出保守区域么？怎么我看了前面几个感觉有点混乱，前4个现成的，也有点扩增效率差，后面的没仔细看，你一个都没跑出来？

没有，只有SwDREB1-F1/R1是参考已知序列设计的引物，它是可以跑出来的，至于那些兼并引物就一直跑不出来。
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5楼2014-09-25 09:06:51
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bwangel

银虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小毛驴的一天 at 2014-09-25 09:06:51
没有，只有SwDREB1-F1/R1是参考已知序列设计的引物，它是可以跑出来的，至于那些兼并引物就一直跑不出来。...

温度条件放低了没，再不行就换引物，我们做兼并引物是先分析保守域的，在保守域的基础上再设计引物的
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6楼2014-09-25 10:37:45
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koujie1986

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-09-25 12:41:05
不晓得你引物添加到PCR体系中的浓度是多少，兼并引物要多加一点。建议你做引物添加浓度梯度测试
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7楼2014-09-25 11:40:02
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