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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 兼并引物的表示方法
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wxy20052002

木虫 (著名写手)

[求助] 兼并引物的表示方法

下列兼并引物的表示方法读不懂。如何用兼并引物表的形式表示出来？谢谢！
F 5’-GC/T/C/GCAT/CCCA/T/CAAG/AG/CT/CG/C/TGAT/CCC-3’
R 5’-TCA/GGTG/AATA/G/T/GCG/AAAG/ATCAT-3’
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1楼 2011-09-25 22:10:18
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wqj1988926

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

wxy20052002(金币+5): 谢谢wqi1988926虫友的指点 2011-09-27 15:25:32
GYSCAYCCHAARSYBGAYCC ,第一条的简并度很大
TCRGTRATRKCRAARTCAT
引物的简并度很大
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风雪夜归人
2楼2011-09-26 08:35:42
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flfish

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
西瓜(金币+4): GOOD 2011-09-26 13:01:36
Field D3 Code
Deoxyadenine A
Deoxycytosine C
Deoxyguanidine G
Deoxythymidine T
Deoxyuracil U
Deoxyinosine I
Phosphorothioate-A F
Phosphorothioate-C O
Phosphorothioate-G E
Phosphorothioate-T Z
A+C+G V
A+T+G D
T+C+G B
Field D3 Code
A+T+C H
A+T W
C+G S
T+G K
A+C M
C+T Y
A+G R
A+G+C+T N
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3楼2011-09-26 08:45:59
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
★ ★ ★
dhd997(金币+3): good 2011-09-26 18:19:53
转一个：
IUPAC ambiguity codes are single-letter codes for nucleotides and amino acids established by the International Union of Pure and Applied Chemistry. This nomenclature is used for specifying Pattern Search parameters.

Nucleotides (Cornish-Bowden, 1985):

Symbol        Meaning
G        G
A        A
T        T or U
C        C
U        U or T
R        G or A
Y        T, U or C
M        A or C
K        G, T or U
S        G or C
W        A, T or U
H        A, C, T or U
B        G, T, U or C
V        G, C or A
D        G, A, T or U
N        G, A, T, U or C
Amino Acids:

1-Letter Symbol        3-Letter Symbol        Meaning
A        Ala        Alanine       
R        Arg        Arginine       
N        Asn        Asparagine       
D        Asp        Aspartic acid       
C        Cys        Cysteine       
Q        Gln        Glutamine       
E        Glu        Glutamic acid       
G        Gly        Glycine       
H        His        Histidine       
I        Ile        Isoleucine       
L        Leu        Leucine       
K        Lys        Lysine       
M        Met        Methionine       
F        Phe        Phenylalanine       
P        Pro        Proline       
S        Ser        Serine       
T        Thr        Threonine       
W        Trp        Tryptophan       
Y        Tyr        Tyrosine       
V        Val        Valine               
B        Asx        Asparagine or Aspartic acid
Z        Glx        Glutamine or Glutamic acid
X        ???        Unknown       
Cornish-Bowden, A. (1985). Nomenclature for incompletely specified bases in nucleic acid sequences: recommendations 1984. Nuc. Acids Res. 13:3021-3030.
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4楼2011-09-26 13:30:29
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