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赵晓楠zxn

金虫 (初入文坛)

[求助] 这样的引物能做荧光定量PCR吗? 已有3人参与

图为荧光定量引物的验证。从左到右依次为Marker DL5000、引物1、引物2、内参GAPDH。虽说目的条带跑出来了,但最下方引物二聚体也很明显,包括内参也存在引物二聚体,三对引物PCR反应的退火温度分别为53℃、55℃、57℃,后来又试着把三对的退火温度统一设为60℃,依旧出现引物二聚体。这种情况下引物还能用做荧光定量PCR吗?
引物具体信息如下:(1-F %GC为40%,TM值为53.7;1-R %GC为40%,TM值为53.7);(2-F %GC为45%,TM值为55.8;2-R %GC为40%,TM值为53.7);(GAPDH-F %GC为61.1%,TM值为59.6;GAPDH-R %GC为50%,TM值为57.8.)

这样的引物能做荧光定量PCR吗?
20140912.jpg
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wangranjun

荣誉版主 (知名作家)

广庭之惘然

优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰手有余香,分子生物期待你更多精彩。 2014-09-14 23:50:11
赵晓楠zxn: 金币+3, 有帮助 2014-09-15 17:05:10
没有杂带理论上可以做定量的,再重新设计一下退火温度就好了,引物二聚体的出现很大程度是因为退火温度不合适……住顺利!
他日扬翼九万里,历大千世界,定我红尘心!
2楼2014-09-14 18:31:04
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dxh86412

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
赵晓楠zxn: 金币+5, 有帮助 2014-09-15 08:40:43
最好能够没有二聚体,因为二聚体主要影响扩增效率,但是如果没办法的话,方便的话做个标准曲线看下扩增效率怎么样,如果在95-105%之间,那用来做定量肯定没问题,如果太低或太高,就只能重新设计了。还有你也可以提高退火温度试试,一般都要在60左右的~
3楼2014-09-15 00:24:15
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赵晓楠zxn

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by dxh86412 at 2014-09-15 00:24:15
最好能够没有二聚体,因为二聚体主要影响扩增效率,但是如果没办法的话,方便的话做个标准曲线看下扩增效率怎么样,如果在95-105%之间,那用来做定量肯定没问题,如果太低或太高,就只能重新设计了。还有你也可以提 ...

我也提高过退火温度,60度,但是还是出现了二聚体。头疼,荧光定量我没做过,好难啊。
在学术的汪洋里,扑腾。
4楼2014-09-15 08:42:55
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
赵晓楠zxn: 金币+2, 有帮助 2014-09-15 17:05:16
引物二聚体产生本底荧光,减少用量就行。
5楼2014-09-15 12:39:20
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赵晓楠zxn

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-09-15 12:39:20
引物二聚体产生本底荧光,减少用量就行。

不是说引物二聚体影响扩增效率吗,你的意思是减少引物的用量吗?
在学术的汪洋里,扑腾。
6楼2014-09-15 17:04:48
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running113

木虫 (著名写手)

可以先做一下,看条带效果还是可以的。

[ 发自小木虫客户端 ]
SCI我来了!!!
7楼2014-09-15 17:35:04
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 赵晓楠zxn at 2014-09-15 17:04:48
不是说引物二聚体影响扩增效率吗,你的意思是减少引物的用量吗?...

减少引物。引物二聚体其实可以增加PCR的特异性
8楼2014-09-16 08:52:43
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zhangyunjing

金虫 (小有名气)

胶图上的电泳结果你是不是采用常规的Taq酶,如果是的话,建议你采用荧光定量的Mix做个PCR,跑胶看一下,因为大部分的荧光定量的Mix中是使用的热启动酶,这很好的减少引物二聚体的生成和非特异性扩增。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

rainwater
9楼2014-09-17 08:44:51
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赵晓楠zxn

金虫 (初入文坛)

送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by zhangyunjing at 2014-09-17 08:44:51
胶图上的电泳结果你是不是采用常规的Taq酶,如果是的话,建议你采用荧光定量的Mix做个PCR,跑胶看一下,因为大部分的荧光定量的Mix中是使用的热启动酶,这很好的减少引物二聚体的生成和非特异性扩增。

是的,我是先用普通PCR的Taq酶扩的。很有帮助,谢谢。
在学术的汪洋里,扑腾。
10楼2014-09-20 18:33:31
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