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lywachieve

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 急 分子克隆遇到问题

目前一直在做酶分子的定向进化,但是所做分子克隆部分三个月以来一直不成功;因为这是后续试验基础,恳请大家提出宝贵建议,不胜感激;
本人是应用易错PCR方法改造目的基因;即通过改变PCR体系中各组分的比例如Mg离子浓度,添加Mn离子等,模拟自然进化引入错配碱基,从而改变酶的性状。而在此之前已有公司合成载体PET-24a-atsA-N-6His;(即公司已经把目的片段全长与载体连接完成);而导师的计划是先改造目的片段的控制水解酶性状的一部分(即目的片段部分长度);由公司设计针对此部分片段的引物;本人进行易错PCR,再对此PCR片段和载体进行双酶切,酶切位点单一,均为粘性末端(NEB公司内切酶;载体和片段同步双酶切,37度双酶同时切2h),酶切后电泳验证;载体胶回收纯化(此时载体已去除了待突变片段,但仍含有控制该酶其他性状的基因);目的片段用PCR产物回收试剂盒回收纯化(只切掉56bp);纯化均采用捷瑞试剂盒;载体切8ug回收十几ng/ul约20ul量;目的片段且2ug;回收约20-30ng/ul约30ul量;连接时用TakaRa 的T4 ;比例从1:3-1:10都试过;10ul-20ul化转入商品化DH5a  都无菌落产生,(抗生素抗性无问题,也没有失效);加倍T4量后有少量菌落,但菌落PCR均无目的条带出现;(菌落PCR体系无问题,以用商品化原质粒转化后挑取单克隆验证有目的条带。)
为探究原因,做以下实验:
  1.针对待突变部分基因做常规PCR,测序示无突变,再依上述方法酶切连接,转化,仍未有菌落长出;
  2.突变目的片段后胶回收纯化,PMD-T19连接测序;刮取平板,混提质粒,双酶切目的片段,以之前切取纯化后的目的片段对照,胶回收纯化目的片段;再与双酶切后载体T4连接,转化商品化DH5a;仍无菌落长出;(连T载体测序示突变未导致酶切位点改变)。

另外,因相关文献鲜有报道只突变目的片段一部分再重组,而往往是针对目的片段全长突变;不知这一点对分子克隆有无影响?
可请各位专家予以指导,不胜感激。
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panda73

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
lywachieve: 金币+2, 有帮助, 感谢提供另一种途径 2014-09-06 08:35:54
引用回帖:
4楼: Originally posted by lywachieve at 2014-09-05 14:05:57
您好,贵公司是采用定点突变的方式改造酶分子吗?还是采用定向进化的方式?谢谢。...

基本方案与你采用的策略类似,既利用致错PCR构建突变库(库容量可以超过10E6(一百万)。但不包括后续突变库的筛选。
5楼2014-09-05 22:39:27
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panda73

金虫 (小有名气)

感谢参与,应助指数 +1
gyesang: 屏蔽内容 2014-09-05 14:58:09
本帖内容被屏蔽

2楼2014-09-05 13:23:30
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panda73

金虫 (小有名气)

3楼2014-09-05 13:24:48
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lywachieve

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by panda73 at 2014-09-05 13:23:30
如果愿意,我们公司可以为你提供相关的技术服务,而且收费合理(5000元左右),1-2周,交付符合客户要求的突变库。

您好,贵公司是采用定点突变的方式改造酶分子吗?还是采用定向进化的方式?谢谢。
每天进步多一点
4楼2014-09-05 14:05:57
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