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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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windy6060

银虫 (小有名气)

[求助] 荧光定量PCR引物设计保守序列的选择 已有1人参与

本人从网上下载了6段序列经DNAman同源比对后找保守序列设计荧光定量PCR的引物和探针,发现有很多个保守区,但是每个保守区中的碱基都不多,长的10来个,短的2个左右,若是根据扩增的序列在100到150之间的话,需要横跨好几个保守区,中间会夹杂一些非保守的碱基,请问我该怎样选择保守序列作为设计引物的模板序列?有一些选择原则和去除原则吗,谢谢!
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cf沐晴

新虫 (正式写手)

一定要用保守序列吗?,直接用CDS序列设计不行吗

发自小木虫Android客户端
3楼2018-01-02 20:34:38
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小茶91520

铜虫 (小有名气)

你好,我也遇到这样的问题了,请问你解决了吗?
2楼2015-04-27 11:32:55
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dearwoniu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

1、2个碱基的保守区?这有点过分啊,这就不叫保守区了。
2、如果非要设计引物,建议在较长的序列保守区进行设计,上下游引物设计在临近或间隔的序列保守区内都没有问题,保守区的长度最少也要十几bp,再短的话引物的tm就不够了。不要在考虑引物二聚体、二级结构的问题了,先找到引物的结合区吧,其余的问题都是小节
3、引物的端区域设计在保守区,5端如果不能落在保守区,也不要出去太多,所以保守区序列越长越好。如果5端不在保守区,pcr的时候需要降低退火温度。
4楼2018-01-03 09:54:07
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