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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 荧光定量PCR引物设计保守序列的选择
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windy6060

银虫 (小有名气)

[求助] 荧光定量PCR引物设计保守序列的选择 已有1人参与

本人从网上下载了6段序列经DNAman同源比对后找保守序列设计荧光定量PCR的引物和探针，发现有很多个保守区，但是每个保守区中的碱基都不多，长的10来个，短的2个左右，若是根据扩增的序列在100到150之间的话，需要横跨好几个保守区，中间会夹杂一些非保守的碱基，请问我该怎样选择保守序列作为设计引物的模板序列？有一些选择原则和去除原则吗，谢谢！
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1楼 2014-08-21 11:02:06
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小茶91520

铜虫 (小有名气)
你好，我也遇到这样的问题了，请问你解决了吗？
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2楼2015-04-27 11:32:55
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cf沐晴

新虫 (正式写手)
一定要用保守序列吗？，直接用CDS序列设计不行吗

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3楼2018-01-02 20:34:38
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dearwoniu

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

1、2个碱基的保守区？这有点过分啊，这就不叫保守区了。
2、如果非要设计引物，建议在较长的序列保守区进行设计，上下游引物设计在临近或间隔的序列保守区内都没有问题，保守区的长度最少也要十几bp，再短的话引物的tm就不够了。不要在考虑引物二聚体、二级结构的问题了，先找到引物的结合区吧，其余的问题都是小节
3、引物的端区域设计在保守区，5端如果不能落在保守区，也不要出去太多，所以保守区序列越长越好。如果5端不在保守区，pcr的时候需要降低退火温度。
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4楼2018-01-03 09:54:07
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