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胡琴HuQin

新虫 (小有名气)

[求助] 自己设计了一对较完美的引物,为什么却始终跑不出条带呢? 已有7人参与

前段时间,我在Primer上设计的引物,上游为:5-GATGTAGTTATGGTGCTTAGACGC-3.下游引物:5-ACGAACCAGCCATTGACG-3,引物合成单上显示上游引物TM值为55.7度,下游因为TM值为50.9度。我设置的温度梯度从43℃~60℃,但均未跑出条带。但用我同学在同一毒株上设计的引物则能跑出条带。能排除的原因我都排除了,现在真不知道问题出在哪里?恳请各位亲帮我分析分析,提提建议,我实在没有办法了!我在此谢谢大家了!
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随风飘摇11

木虫 (著名写手)

为什么我看到题目中完美就忍不住笑了呢,笑点太低了

[ 发自小木虫客户端 ]
天道酬勤
7楼2014-08-06 13:13:57
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happydove

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
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胡琴HuQin: 金币+1, ★有帮助 2014-08-07 20:54:12
你把序列给我,我帮你设计一对看看?
模板没问题,PCR体系也没问题,最有可能的是引物啦
合对引物没多少钱,别纠结了
8楼2014-08-06 15:21:47
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普通回帖

ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader


【答案】应助回帖

★ ★
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胡琴HuQin(西门吹雪170代发): 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-08-06 09:22:24
1、感觉你这对引物很容易形成二聚体。
2、设计引物时有没有把反向引物顺序弄反了(应该是互补链的顺序)?
2楼2014-08-06 07:47:08
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胡琴HuQin

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-08-06 07:47:08
1、感觉你这对引物很容易形成二聚体。
2、设计引物时有没有把反向引物顺序弄反了(应该是互补链的顺序)?

这是引物设计的截图。我应该没有弄错顺序~
自己设计了一对较完美的引物,为什么却始终跑不出条带呢?
引物设计图片.png

3楼2014-08-06 09:47:27
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wszl666

银虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★
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胡琴HuQin: 金币+1 2014-08-07 21:33:11
没啥纠结的,换引物试试,换酶都可以,换条件
基因敲除
4楼2014-08-06 10:47:10
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

这引物真心不咋地
5楼2014-08-06 11:23:10
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胡琴HuQin

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by jurkat.1640 at 2014-08-06 11:23:10
这引物真心不咋地

为啥呢?在Primer里显示感觉还可以呀!怎么就至于什么都扩不出来呢?
6楼2014-08-06 12:42:28
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jurkat.1640

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
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胡琴HuQin: 金币+1, ★有帮助 2014-08-07 20:54:25
引用回帖:
6楼: Originally posted by 胡琴HuQin at 2014-08-06 12:42:28
为啥呢?在Primer里显示感觉还可以呀!怎么就至于什么都扩不出来呢?...

引物的Tm至少55℃,除非很特别的情况。
9楼2014-08-06 15:26:37
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dongmings

木虫之王 (文学泰斗)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流! 2014-08-06 23:04:28
胡琴HuQin: 金币+1, ★有帮助 2014-08-07 20:54:39
一般PCR失败有几个原因,引物与模板结合不好,酶结合的不好,酶活力不好。你可以试试其他的酶,如果还不行,改成更长的引物
10楼2014-08-06 20:37:28
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