24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 2291  |  回复: 4

panfangli

铜虫 (小有名气)

[交流] autodock对接前配体分子结构的优化方法

请问大家,用于autodock软件进行对接的配体分子结构,用哪种优化方法比较好呢?用Gaussian软件进行优化后的结构用来进行模拟对接,应该行得通吧?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:00:04
Chemidraw里面的能量最小化就可以了
2楼2014-06-30 21:11:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panfangli

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-06-30 21:11:45
Chemidraw里面的能量最小化就可以了

谢谢!请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么?另外,就是优化后分子的结构会有变化么?例如C上的H原子会跑到N原子上面么?也就是单键和双键会有所变化吧?
3楼2014-07-01 17:43:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
panfangli(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导! 2014-07-08 16:00:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by panfangli at 2014-07-01 17:43:31
谢谢!请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么?另外,就是优化后分子的结构会有变化么?例如C上的H原子会跑到N原子上面么?也就是单键和双键会有所变化吧?...

这个不会的,一般经过能量最小化就可以进行分子对接了
4楼2014-07-01 19:45:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
祝福
5楼2014-07-01 20:00:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 panfangli 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工363求推荐 +11 zh096 2026-04-04 11/550 2026-04-06 19:14 by guanxin1001
[考研] 机械专硕274求调剂,不挑专业学校 +6 泛泛2333 2026-04-05 8/400 2026-04-06 18:06 by 泛泛2333
[考研] 求助 +3 卡卡东88 2026-04-06 4/200 2026-04-06 15:28 by going home
[考研] 301求调剂 +7 细胞相关蛋白 2026-04-03 7/350 2026-04-06 11:47 by lijunpoly
[考研] 332求调剂 +17 小小孟... 2026-04-05 18/900 2026-04-06 09:51 by 蓝云思雨
[考研] 材料334求调剂 +19 Eecho# 2026-04-03 19/950 2026-04-06 08:37 by 小小树2024
[考研] 一志愿郑州大学085600求调剂 +17 吃的不少 2026-04-05 20/1000 2026-04-06 00:32 by T可可西里T
[考研] 358求调剂 +7 秋gk 2026-04-04 7/350 2026-04-05 13:29 by huangmoli
[考研] 求调剂 +3 小沢 2026-04-03 3/150 2026-04-05 09:10 by sihailian3
[考研] 材料调剂 +12 一样YWY 2026-04-04 12/600 2026-04-05 08:24 by 544594351
[考研] 333求调剂 +9 阿科逸 2026-03-31 9/450 2026-04-04 18:25 by macy2011
[考研] 复试调剂 +6 范根培 2026-04-04 6/300 2026-04-04 14:27 by 土木硕士招生
[考研] 309求调剂 +6 刘刘刘1231 2026-04-02 7/350 2026-04-04 13:41 by liucky
[考研] 一志愿085404,总分291,四级已过,求调剂 +5 阿俊阿俊阿俊 2026-04-04 7/350 2026-04-04 13:23 by 莲菜就是藕吧
[考研] 求调剂,一志愿南京航空航天大学 ,080500材料科学与工程学硕 +10 @taotao 2026-04-03 10/500 2026-04-04 09:01 by T可可西里T
[考研] 265求调剂 +17 林深温澜 2026-04-01 20/1000 2026-04-04 01:09 by userper
[考研] 化工调剂303分,过四级 +28 栖梧待风 2026-04-02 28/1400 2026-04-03 21:40 by qlm5820
[考研] 求调剂机会 +5 意染ivy 2026-04-03 5/250 2026-04-03 15:13 by qoooooo614
[考研] 一志愿中国科学院大学265求调剂 +9 恬淡ye 2026-03-31 10/500 2026-04-03 11:10 by txp1986
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +15 秋二十二 2026-03-30 15/750 2026-04-03 10:19 by linyelide
信息提示
请填处理意见