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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？

如题，配体结构中有B F等杂原子，怎么修改其参数，能顺利通过autogrid及autodock两步。。。。。
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1楼2013-04-23 14:10:23
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lrf1980

新虫 (小有名气)
只要是共价键的话应该不需要修改吧
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pymol
2楼2013-04-23 17:10:46
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后 运行一下autogrid试试
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3楼2013-04-24 07:58:17
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-23 17:10:46
只要是共价键的话应该不需要修改吧

谢谢回复
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4楼2013-04-24 08:30:23
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lrf1980

新虫 (小有名气)
原来是原子参数的问题，学习了。还是autodock vina 方便，而且快速
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5楼2013-04-24 10:26:33
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Vilianness

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2013-04-24 07:58:17
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后 运行一下autogrid试试

请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗
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6楼2015-05-19 17:10:04
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Vilianness at 2015-05-19 17:10:04
请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗...

金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding
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7楼2015-05-21 20:31:58
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Vilianness

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

真是太感谢你了！！！！！！！
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8楼2015-06-02 17:10:50
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

在哪里找到金属离子的参数啊？我想要金的参数，能帮忙找找吗？
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9楼2015-12-28 20:11:30
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