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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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pymol

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[求助] 配体结构中有B原子,怎么用autodock做对接?

如题,配体结构中有B F等杂原子,怎么修改其参数,能顺利通过autogrid及autodock两步。。。。。
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lrf1980

新虫 (小有名气)

只要是共价键的话应该不需要修改吧

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2楼2013-04-23 17:10:46
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longytu

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通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数,增加B 和F的参数,保存后 运行一下autogrid试试
3楼2013-04-24 07:58:17
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pymol

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送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-23 17:10:46
只要是共价键的话应该不需要修改吧

谢谢回复
4楼2013-04-24 08:30:23
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lrf1980

新虫 (小有名气)

原来是原子参数的问题,学习了。还是autodock vina 方便,而且快速
5楼2013-04-24 10:26:33
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Vilianness

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2013-04-24 07:58:17
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数,增加B 和F的参数,保存后 运行一下autogrid试试

请问那个B的具体参数是多少,可以说一下吗
6楼2015-05-19 17:10:04
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pymol

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引用回帖:
6楼: Originally posted by Vilianness at 2015-05-19 17:10:04
请问那个B的具体参数是多少,可以说一下吗...

金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding
7楼2015-05-21 20:31:58
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Vilianness

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

真是太感谢你了!!!!!!!
8楼2015-06-02 17:10:50
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zhouling1019

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

在哪里找到金属离子的参数啊?我想要金的参数,能帮忙找找吗?
9楼2015-12-28 20:11:30
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