版块导航: 正在加载中...

客户端APP下载

登录注册

应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

应助: 177 (高中生)
金币: 55.7
散金: 1753
红花: 10
帖子: 481
在线: 121.8小时
虫号: 2359312
注册: 2013-03-19
专业: 蛋白质组学

[求助] 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？

如题，配体结构中有B F等杂原子，怎么修改其参数，能顺利通过autogrid及autodock两步。。。。。

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

» 猜你喜欢

售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急已经有12人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有9人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有9人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急已经有11人回复
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急已经有10人回复
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急已经有8人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急已经有10人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急已经有11人回复
售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急已经有8人回复
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急已经有8人回复

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

可以用核酸适配体与小分子配体对接的吗？可以用autodock吗？或是其他软件？已经有9人回复
求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接已经有7人回复
求助Autodock的配体里Eu原子类型不识别怎么办已经有7人回复
求助！autodock对接结果分析！已经有7人回复
把autodock的对接结果保存为PDB之后，做分子动力学出现的问题，求高手... 已经有7人回复
autodock对接前配体分子结构的优化方法已经有4人回复
Autodock蛋白处理时，保留在蛋白的原配体如何处理？已经有12人回复
在autodock软件中如何将配体和受体拆分开已经有9人回复
autodock对接的氢键已经有7人回复
autodock 配体文件在windows下提取已经有4人回复
Autodock对接构象准确性的评价——RMSD 已经有10人回复
AUTODOCK 分子对接 gpf对接参数问题已经有10人回复
autodock对接时蛋白的处理问题已经有6人回复
用TOPOS分析拓扑时三连接配体的如何设置为中心原子已经有9人回复
用autodock做对接，box设置无法包括受体活性区域和配体已经有6人回复
Autodock时 gridbox的参数怎么设置?? 已经有18人回复
分子对接前配体是怎么处理的啊-例如用AD做已经有14人回复
用AutoDock对接的结合能较小，可能是什么原因？已经有7人回复

1楼 2013-04-23 14:10:23

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

模拟EPI: 1
应助: 41 (小学生)
金币: 1254.2
红花: 3
帖子: 136
在线: 52.5小时
虫号: 2060967
注册: 2012-10-14
专业: 药物化学

只要是共价键的话应该不需要修改吧

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

pymol

2楼2013-04-23 17:10:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)

应助: 80 (初中生)
金币: 94.3
散金: 1248
红花: 9
帖子: 489
在线: 123.5小时
虫号: 1151872
注册: 2010-11-20
性别: GG
专业: 生物大分子结构与功能

通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后运行一下autogrid试试

3楼2013-04-24 07:58:17

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

应助: 177 (高中生)
金币: 55.7
散金: 1753
红花: 10
帖子: 481
在线: 121.8小时
虫号: 2359312
注册: 2013-03-19
专业: 蛋白质组学

送红花一朵

引用回帖:

2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-23 17:10:46
只要是共价键的话应该不需要修改吧

谢谢回复

4楼2013-04-24 08:30:23

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)

模拟EPI: 1
应助: 41 (小学生)
金币: 1254.2
红花: 3
帖子: 136
在线: 52.5小时
虫号: 2060967
注册: 2012-10-14
专业: 药物化学

原来是原子参数的问题，学习了。还是autodock vina 方便，而且快速

5楼2013-04-24 10:26:33

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

Vilianness

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1.5
帖子: 3
在线: 5.7小时
虫号: 2357569
注册: 2013-03-18

引用回帖:

3楼: Originally posted by longytu at 2013-04-24 07:58:17
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后运行一下autogrid试试

请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗

赞一下(1人)

6楼2015-05-19 17:10:04

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

应助: 177 (高中生)
金币: 55.7
散金: 1753
红花: 10
帖子: 481
在线: 121.8小时
虫号: 2359312
注册: 2013-03-19
专业: 蛋白质组学

引用回帖:

6楼: Originally posted by Vilianness at 2015-05-19 17:10:04
请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗...

金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding

赞一下(1人)

7楼2015-05-21 20:31:58

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

Vilianness

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 1.5
帖子: 3
在线: 5.7小时
虫号: 2357569
注册: 2013-03-18

引用回帖:

7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

真是太感谢你了！！！！！！！

8楼2015-06-02 17:10:50

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

zhouling1019

新虫 (初入文坛)

应助: 2 (幼儿园)
金币: 181.5
红花: 2
帖子: 44
在线: 28.1小时
虫号: 4155648
注册: 2015-10-19
专业: 凝聚态物性I:结构、力学和

引用回帖:

7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

在哪里找到金属离子的参数啊？我想要金的参数，能帮忙找找吗？

9楼2015-12-28 20:11:30

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

相关版块跳转我要订阅楼主 pymol 的主题更新

最具人气热帖推荐 [查看全部]		作者	回/看	最后发表

	[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5	2rKfVQg2jQww 2026-11-06	12/600	2026-11-09 01:46 by l48hFd8Nwae2
	[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3	5sJFDKp2kwuI 2026-11-06	9/450	2026-11-09 01:35 by l48hFd8Nwae2
	[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3	5sJFDKp2kwuI 2026-11-06	8/400	2026-11-09 01:24 by l48hFd8Nwae2
	[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4	5sJFDKp2kwuI 2026-11-06	8/400	2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
	[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	7/350	2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
	[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	5/250	2026-11-06 16:43 by 5sJFDKp2kwuI
	[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +6	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04	11/550	2026-11-06 16:32 by 5sJFDKp2kwuI
	[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6	ttH3f1oA6ace 2026-11-04	12/600	2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
	[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	11/550	2026-11-06 13:47 by BkA9Bi5cMhkD
	[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +8	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	18/900	2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
	[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +8	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	14/700	2026-11-06 13:36 by BkA9Bi5cMhkD
	[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	10/500	2026-11-06 12:32 by BkA9Bi5cMhkD
	[硕博家园] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-05	5/250	2026-11-06 09:01 by 2lRNluKrJpwL
	[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5	kvewwGtKktqB 2026-11-04	14/700	2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
	[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6	kvewwGtKktqB 2026-11-04	16/800	2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
	[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	12/600	2026-11-06 04:47 by qL1cU46YIdK0
	[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3	ELBZ6WwEaRj6 2026-11-04	9/450	2026-11-06 02:15 by qL1cU46YIdK0
	[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4	hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04	12/600	2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
	[考研] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	12/600	2026-11-06 01:42 by qL1cU46YIdK0
	[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4	ncTVBM6AOJHF 2026-11-04	12/600	2026-11-05 11:10 by PYZmcHr5kSaq