应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
91/1返回列表
查看: 2693  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？

如题，配体结构中有B F等杂原子，怎么修改其参数，能顺利通过autogrid及autodock两步。。。。。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-23 14:10:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
只要是共价键的话应该不需要修改吧
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

pymol
2楼2013-04-23 17:10:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后 运行一下autogrid试试
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-24 07:58:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-23 17:10:46
只要是共价键的话应该不需要修改吧

谢谢回复
回复此楼
4楼2013-04-24 08:30:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
原来是原子参数的问题，学习了。还是autodock vina 方便，而且快速
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-24 10:26:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Vilianness

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2013-04-24 07:58:17
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后 运行一下autogrid试试

请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2015-05-19 17:10:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Vilianness at 2015-05-19 17:10:04
请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗...

金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2015-05-21 20:31:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Vilianness

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

真是太感谢你了！！！！！！！
回复此楼
8楼2015-06-02 17:10:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhouling1019

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

在哪里找到金属离子的参数啊？我想要金的参数，能帮忙找找吗？
赞一下 回复此楼
9楼2015-12-28 20:11:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pymol 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南昌大学，085600，344分求调剂 +7 调剂上岸玘 2026-04-05 7/350 2026-04-06 06:20 by houyaoxu
[考研] 材料334求调剂 +18 Eecho# 2026-04-03 18/900 2026-04-06 00:56 by fmesaito
[考研] 一志愿郑州大学085600求调剂 +17 吃的不少 2026-04-05 20/1000 2026-04-06 00:32 by T可可西里T
[考研] 材料工程302分求调剂 +9 zyx上岸！ 2026-04-04 9/450 2026-04-05 22:08 by 醉翁wl
[考研] 生物与医药273求调剂 +5 荔题南墙 2026-04-05 5/250 2026-04-05 22:04 by imissbao
[考研] 08600生物与医药-327 +6 18755400796 2026-04-05 6/300 2026-04-05 22:03 by imissbao
[考研] 08专硕275调剂 +5 AaAa7420 2026-04-05 5/250 2026-04-05 18:01 by jkddd
[考研] 346分的生物与医药08600求调剂 +5 常雨阳上岸 2026-04-05 6/300 2026-04-05 13:42 by imissbao
[考研] 求调剂 +4 wos666 2026-04-03 4/200 2026-04-05 11:48 by arrow8852
[考研] 考研调剂 +5 四川王涛 2026-04-04 5/250 2026-04-04 22:18 by 啵啵啵0119
[考研] 315求调剂 +13 小羊小羊_ 2026-04-02 14/700 2026-04-04 20:30 by 蓝云思雨
[考研] 求调剂 +6 朔朔话 2026-04-02 7/350 2026-04-04 19:16 by 蓝云思雨
[考研] 322求调剂 +6 FZAC123 2026-04-03 6/300 2026-04-03 22:23 by 科研小专家
[考研] 326分求调剂 +3 于是乎呢 2026-04-01 5/250 2026-04-03 14:23 by 于是乎呢
[考研] 085600专硕材料与化工348分求调剂 +10 上学啦！ 2026-04-01 11/550 2026-04-03 14:13 by 百灵童888
[考研] 282求调剂 +5 呼吸都是减肥 2026-03-31 5/250 2026-04-03 12:03 by 1753564080
[考研] 311求调剂 +14 蓝月亮亮 2026-03-30 14/700 2026-04-02 12:18 by 1753564080
[考研] 085601一志愿中山大学深圳材料工程330求调剂 +8 pipiver 2026-03-30 8/400 2026-04-02 12:01 by ms629
[考研] 生物学327，求调剂 +5 书上的梅子 2026-04-01 6/300 2026-04-02 06:47 by ilovexiaobin
[考研] 本2一志愿C9-333分，材料科学与工程，求调剂 +9 升升不降 2026-03-31 9/450 2026-03-31 18:01 by 无际的草原
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭