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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接
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空的天

新虫 (正式写手)

[求助] 求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接 已有4人参与

我用蛋白与PFOA对接，选择了LYS69，但是出现了下面这个提醒。。。没有选择成功？然后，下一步也无法进行。。求解

至于为什么选择LYS69，是因为这个蛋白质有文献报道和棕榈酸结合位点是LYS69,GLU62 （这个蛋白和一系列的脂肪酸作用都是这两个位点）
没有人做过这个蛋白和PFOA作用。。我不知道它们的结合位点在哪里。。所以用这两个已知的位点做残基。。
结果都出现了图中的提示。。求解。。。是哪里出问题呢？

还有我这种方法是不是不对呢？没人做过，没有文献报道这个蛋白和PFOA的位点。。怎么才能找到它们的结合位点呢？

求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接
1.jpg


求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接-1
2.jpg
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1楼 2015-01-16 20:18:58
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
空的天(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-17 09:38:36
先学着怎么用autodock，应该是在活性位置周围产生一个box去对接，而不是直接只选中一个氨基酸残基

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2楼2015-01-16 20:25:04
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岸芷汀蓝冰

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
为什么要选择某个氨基酸呢？很奇怪。。建议好好学学autodock基础理论再做，不然都是徒劳

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用心做一切
3楼2015-01-17 12:49:32
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空的天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 岸芷汀蓝冰 at 2015-01-17 12:49:32
为什么要选择某个氨基酸呢？很奇怪。。建议好好学学autodock基础理论再做，不然都是徒劳

按照教程，做柔性对接就是要选氨基酸啊
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4楼2015-01-17 20:28:59
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空的天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wbf3ng at 2015-01-16 20:25:04
先学着怎么用autodock，应该是在活性位置周围产生一个box去对接，而不是直接只选中一个氨基酸残基

按照教程，做柔性对接就是要选氨基酸啊。。。然后是氨基酸周围产生BOX
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5楼2015-01-17 20:30:19
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by 空的天 at 2015-01-17 20:30:19
按照教程，做柔性对接就是要选氨基酸啊。。。然后是氨基酸周围产生BOX...

你的做法应该是通过右手边将蛋白的所有序列展开然后选中所需的做柔性定义

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6楼2015-01-17 22:17:00
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
选择柔性残基在柔性设置里面，是否保存了pdbqt格式了呢？
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7楼2015-01-18 10:35:48
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晔?�

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
空的天: 金币+5, 谢谢 2015-01-19 22:49:51
像第一张图中这样选好像只能选择某一类型的残基，不能选择单独一个的，第二张图是因为你没有选择柔性残基。其实刚开始学对接可以先进行刚性对接。
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8楼2015-01-19 12:05:11
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