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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接
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空的天

新虫 (正式写手)

[求助] 求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接已有4人参与

我用蛋白与PFOA对接，选择了LYS69，但是出现了下面这个提醒。。。没有选择成功？然后，下一步也无法进行。。求解

至于为什么选择LYS69，是因为这个蛋白质有文献报道和棕榈酸结合位点是LYS69,GLU62 （这个蛋白和一系列的脂肪酸作用都是这两个位点）
没有人做过这个蛋白和PFOA作用。。我不知道它们的结合位点在哪里。。所以用这两个已知的位点做残基。。
结果都出现了图中的提示。。求解。。。是哪里出问题呢？

还有我这种方法是不是不对呢？没人做过，没有文献报道这个蛋白和PFOA的位点。。怎么才能找到它们的结合位点呢？

求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接
1.jpg


求问几个autodock的问题，蛋白质和小分子的对接-1
2.jpg
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1楼2015-01-16 20:18:58
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晔?�

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
空的天: 金币+5, 谢谢 2015-01-19 22:49:51
像第一张图中这样选好像只能选择某一类型的残基，不能选择单独一个的，第二张图是因为你没有选择柔性残基。其实刚开始学对接可以先进行刚性对接。
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8楼2015-01-19 12:05:11
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wbf3ng

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
空的天(月只蓝代发): 金币+2, 鼓励交流 2015-01-17 09:38:36
先学着怎么用autodock，应该是在活性位置周围产生一个box去对接，而不是直接只选中一个氨基酸残基

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2楼2015-01-16 20:25:04
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岸芷汀蓝冰

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
为什么要选择某个氨基酸呢？很奇怪。。建议好好学学autodock基础理论再做，不然都是徒劳

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用心做一切
3楼2015-01-17 12:49:32
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空的天

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 岸芷汀蓝冰 at 2015-01-17 12:49:32
为什么要选择某个氨基酸呢？很奇怪。。建议好好学学autodock基础理论再做，不然都是徒劳

按照教程，做柔性对接就是要选氨基酸啊
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4楼2015-01-17 20:28:59
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