应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？
91/1返回列表
查看: 2666  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 配体结构中有B原子，怎么用autodock做对接？

如题，配体结构中有B F等杂原子，怎么修改其参数，能顺利通过autogrid及autodock两步。。。。。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

Autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2013-04-23 14:10:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
只要是共价键的话应该不需要修改吧
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

pymol
2楼2013-04-23 17:10:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longytu

捐助贵宾 (正式写手)
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后 运行一下autogrid试试
赞一下 回复此楼
3楼2013-04-24 07:58:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by lrf1980 at 2013-04-23 17:10:46
只要是共价键的话应该不需要修改吧

谢谢回复
回复此楼
4楼2013-04-24 08:30:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lrf1980

新虫 (小有名气)
原来是原子参数的问题，学习了。还是autodock vina 方便，而且快速
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-24 10:26:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Vilianness

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by longytu at 2013-04-24 07:58:17
通过修改autodock中的 adt-parameter-dat文件中的原子参数，增加B 和F的参数，保存后 运行一下autogrid试试

请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2015-05-19 17:10:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by Vilianness at 2015-05-19 17:10:04
请问那个B的具体参数是多少，可以说一下吗...

金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding
赞一下(1人) 回复此楼
7楼2015-05-21 20:31:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Vilianness

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

真是太感谢你了！！！！！！！
回复此楼
8楼2015-06-02 17:10:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhouling1019

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by pymol at 2015-05-21 20:31:58
金属离子参数atom_par B 4.08 0.180 12.052 -0.00110 0.0 0.0 0 -1 -1 0 # Non H-bonding...

在哪里找到金属离子的参数啊？我想要金的参数，能帮忙找找吗？
赞一下 回复此楼
9楼2015-12-28 20:11:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 pymol 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 资源与环境 调剂申请(333分) +5 holy J 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:42 by Catalysis25
[考研] 一志愿211，0703化学310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-21 22:21 by peike
[考研] 326求调剂 +4 mlpqaz03 2026-03-15 4/200 2026-03-21 19:10 by ColorlessPI
[考研] 材料工程专硕 348分求调剂 +3 冬辞. 2026-03-17 5/250 2026-03-21 18:47 by 学员8dgXkO
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 316求调剂 +6 梁茜雯 2026-03-19 6/300 2026-03-21 06:32 by Ecowxq666！
[考研] 材料工程（专）一志愿985 初试335求调剂 +3 hiloiy 2026-03-17 4/200 2026-03-21 03:04 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 332求调剂 +4 ydfyh 2026-03-17 4/200 2026-03-21 02:20 by JourneyLucky
[考研] 296求调剂 +6 www_q 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:56 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 0856调剂，是学校就去 +8 sllhht 2026-03-19 9/450 2026-03-20 14:25 by 无懈可击111
[考研] 298-一志愿中国农业大学-求调剂 +9 手机用户 2026-03-17 9/450 2026-03-20 14:24 by 无懈可击111
[考博] 招收博士1-2人 +3 QGZDSYS 2026-03-18 3/150 2026-03-20 11:58 by 呱呱呱呱叫
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 333求调剂 +3 文思客 2026-03-16 7/350 2026-03-16 18:21 by 文思客
[考研] 085601材料工程315分求调剂 +3 yang_0104 2026-03-15 3/150 2026-03-15 10:58 by peike
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭