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panfangli

铜虫 (小有名气)

[交流] autodock对接前配体分子结构的优化方法

请问大家,用于autodock软件进行对接的配体分子结构,用哪种优化方法比较好呢?用Gaussian软件进行优化后的结构用来进行模拟对接,应该行得通吧?
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pymol

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:00:04
Chemidraw里面的能量最小化就可以了
2楼2014-06-30 21:11:45
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panfangli

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-06-30 21:11:45
Chemidraw里面的能量最小化就可以了

谢谢!请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么?另外,就是优化后分子的结构会有变化么?例如C上的H原子会跑到N原子上面么?也就是单键和双键会有所变化吧?
3楼2014-07-01 17:43:31
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pymol

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panfangli(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导! 2014-07-08 16:00:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by panfangli at 2014-07-01 17:43:31
谢谢!请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么?另外,就是优化后分子的结构会有变化么?例如C上的H原子会跑到N原子上面么?也就是单键和双键会有所变化吧?...

这个不会的,一般经过能量最小化就可以进行分子对接了
4楼2014-07-01 19:45:51
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祝福
5楼2014-07-01 20:00:14
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