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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock对接前配体分子结构的优化方法
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panfangli

铜虫 (小有名气)

[交流] autodock对接前配体分子结构的优化方法

请问大家，用于autodock软件进行对接的配体分子结构，用哪种优化方法比较好呢？用Gaussian软件进行优化后的结构用来进行模拟对接，应该行得通吧？
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1楼2014-06-27 11:31:28
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pymol

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月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-08 16:00:04
Chemidraw里面的能量最小化就可以了
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2楼2014-06-30 21:11:45
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panfangli

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-06-30 21:11:45
Chemidraw里面的能量最小化就可以了

谢谢！请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么？另外，就是优化后分子的结构会有变化么？例如C上的H原子会跑到N原子上面么？也就是单键和双键会有所变化吧？
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3楼2014-07-01 17:43:31
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pymol

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panfangli(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-08 16:00:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by panfangli at 2014-07-01 17:43:31
谢谢！请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么？另外，就是优化后分子的结构会有变化么？例如C上的H原子会跑到N原子上面么？也就是单键和双键会有所变化吧？...

这个不会的，一般经过能量最小化就可以进行分子对接了
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4楼2014-07-01 19:45:51
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朱雪刚521
祝福
5楼2014-07-01 20:00:14
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