24小时热门版块排行榜    

查看: 2261  |  回复: 4
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

panfangli

铜虫 (小有名气)

[交流] autodock对接前配体分子结构的优化方法

请问大家,用于autodock软件进行对接的配体分子结构,用哪种优化方法比较好呢?用Gaussian软件进行优化后的结构用来进行模拟对接,应该行得通吧?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
panfangli(月只蓝代发): 金币+1, 感谢指导! 2014-07-08 16:00:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by panfangli at 2014-07-01 17:43:31
谢谢!请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么?另外,就是优化后分子的结构会有变化么?例如C上的H原子会跑到N原子上面么?也就是单键和双键会有所变化吧?...

这个不会的,一般经过能量最小化就可以进行分子对接了
4楼2014-07-01 19:45:51
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

pymol

捐助贵宾 (正式写手)


★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-08 16:00:04
Chemidraw里面的能量最小化就可以了
2楼2014-06-30 21:11:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panfangli

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pymol at 2014-06-30 21:11:45
Chemidraw里面的能量最小化就可以了

谢谢!请问简单优化之后的结构直接用于分子对接么?另外,就是优化后分子的结构会有变化么?例如C上的H原子会跑到N原子上面么?也就是单键和双键会有所变化吧?
3楼2014-07-01 17:43:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿苏州大学材料工程(085601)专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +3 大火山小火山 2026-03-16 5/250 2026-03-16 16:54 by barlinike
[考研] 0703一志愿211 285分求调剂 +5 ly3471z 2026-03-13 5/250 2026-03-16 16:16 by 哦哦123
[考研] 290求调剂 +5 孔志浩 2026-03-12 10/500 2026-03-16 09:01 by 余晖&
[基金申请] NSFC申报书里申请人简历中代表性论著还需要在申报书最后的附件里面再上传一遍吗 20+5 NSFC2026我来了 2026-03-10 14/700 2026-03-15 23:53 by 不负韶华的虎
[考研] 289求调剂 +4 这么名字咋样 2026-03-14 6/300 2026-03-14 18:58 by userper
[考研] 265求调剂 +4 威化饼07 2026-03-12 4/200 2026-03-14 17:23 by userper
[考研] 材料与化工(0856)304求B区调剂 +7 邱gl 2026-03-10 11/550 2026-03-14 12:18 by 邱gl
[考研] 306求调剂 +4 唐薏薏 2026-03-09 4/200 2026-03-14 01:19 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿江南大学环境工程085701 +3 Djdjj12 2026-03-10 4/200 2026-03-14 00:31 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +3 是Lupa啊 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:30 by JourneyLucky
[考研] 2026考研调剂+本科延边大学+山东大学+生物化学与分子生物学+有项目经验 +3 ccdsscjy 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:12 by JourneyLucky
[考研] 材料专硕288分求调剂 一志愿211 +4 在家想你 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:49 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 考研调剂 +4 芬达46 2026-03-12 4/200 2026-03-13 16:04 by ruiyingmiao
[考研] 工科278分求调剂 +5 周慢热啊 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:49 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 一志愿山大07化学 332分 四六级已过 本科山东双非 求调剂! +3 不想理你 2026-03-12 3/150 2026-03-13 14:18 by JourneyLucky
[论文投稿] 投稿问题 5+4 星光灿烂xt 2026-03-12 6/300 2026-03-13 14:17 by god_tian
[考研] 420求调剂 +4 莫向外求11 2026-03-10 6/300 2026-03-12 14:41 by ruiyingmiao
[考研] 求调剂材料专硕293 +6 段_(:з」∠)_ 2026-03-10 6/300 2026-03-10 18:22 by ms629
信息提示
请填处理意见