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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 请问准备小分子配体时，有的准备不成功，是什么原因？
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wen530

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 请问准备小分子配体时，有的准备不成功，是什么原因？ 已有1人参与

各位前辈，请问准备小分子配体时，有的准备不成功（结果显示0 pose），而有的成功了，是什么原因？
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1楼 2013-12-24 15:14:57
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wen530: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-12-25 22:41:11
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2013-12-31 16:19:35
你是说的prepare ligand 这步么？
如果不需要如果你不想产生isomers和tautomers的话是没必要专门做prepare的，你只需要做一个geometry优化和minimization就可以了，至于失败的原因跟你参数设置有关系吧，你能说得详细点么
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wen530
宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
2楼2013-12-25 17:18:55
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wen530

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-25 17:18:55
你是说的prepare ligand 这步么？
如果不需要如果你不想产生isomers和tautomers的话是没必要专门做prepare的，你只需要做一个geometry优化和minimization就可以了，至于失败的原因跟你参数设置有关系吧，你能说得详 ...

比如葡萄糖、海藻糖这两个小分子进行配体准备，只有葡萄糖准备成功。参数设置为Duplicate structures:Remove;   Change ionization:False; Generate tautomers:False;   Generate isomers:False;  Lipinski Filter:True  Generate 3D:True; Parallel Processing:False。请问是什么原因呢？
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3楼2013-12-25 22:55:43
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wen530

捐助贵宾 (正式写手)
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引用回帖:
2楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-25 17:18:55
你是说的prepare ligand 这步么？
如果不需要如果你不想产生isomers和tautomers的话是没必要专门做prepare的，你只需要做一个geometry优化和minimization就可以了，至于失败的原因跟你参数设置有关系吧，你能说得详 ...

比如葡萄糖、海藻糖这两个小分子进行配体准备，只有葡萄糖准备成功。参数设置为Duplicate structures:Remove;   Change ionization:False; Generate tautomers:False;   Generate isomers:False;  Lipinski Filter:True  Generate 3D:True; Parallel Processing:False。请问是什么原因呢？
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4楼2013-12-28 17:15:17
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monsoncupid

金虫 (小有名气)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-03 09:15:43
既不产生tautimers有不产生isomers，你这就不需要prepare啦，如果一定要做的，你把lipinski 五原则过滤器关掉试试吧
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
5楼2014-01-02 21:12:06
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monsoncupid

金虫 (小有名气)
据我猜测海藻糖应该不符合lipinski原则
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宅若久时天然呆，呆到深处自然萌
6楼2014-01-02 21:15:01
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