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wen530

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[求助] 请问准备小分子配体时,有的准备不成功,是什么原因? 已有1人参与

各位前辈,请问准备小分子配体时,有的准备不成功(结果显示0 pose),而有的成功了,是什么原因?
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
wen530: 金币+20, ★★★很有帮助 2013-12-25 22:41:11
月只蓝: 金币+2, 感谢指导。 2013-12-31 16:19:35
你是说的prepare ligand 这步么?
如果不需要如果你不想产生isomers和tautomers的话是没必要专门做prepare的,你只需要做一个geometry优化和minimization就可以了,至于失败的原因跟你参数设置有关系吧,你能说得详细点么

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
2楼2013-12-25 17:18:55
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wen530

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-25 17:18:55
你是说的prepare ligand 这步么?
如果不需要如果你不想产生isomers和tautomers的话是没必要专门做prepare的,你只需要做一个geometry优化和minimization就可以了,至于失败的原因跟你参数设置有关系吧,你能说得详 ...

比如葡萄糖、海藻糖这两个小分子进行配体准备,只有葡萄糖准备成功。参数设置为Duplicate structures:Remove;   Change ionization:False; Generate tautomers:False;   Generate isomers:False;  Lipinski Filter:True  Generate 3D:True; Parallel Processing:False。请问是什么原因呢?
3楼2013-12-25 22:55:43
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wen530

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送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-25 17:18:55
你是说的prepare ligand 这步么?
如果不需要如果你不想产生isomers和tautomers的话是没必要专门做prepare的,你只需要做一个geometry优化和minimization就可以了,至于失败的原因跟你参数设置有关系吧,你能说得详 ...

比如葡萄糖、海藻糖这两个小分子进行配体准备,只有葡萄糖准备成功。参数设置为Duplicate structures:Remove;   Change ionization:False; Generate tautomers:False;   Generate isomers:False;  Lipinski Filter:True  Generate 3D:True; Parallel Processing:False。请问是什么原因呢?
4楼2013-12-28 17:15:17
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monsoncupid

金虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-01-03 09:15:43
既不产生tautimers有不产生isomers,你这就不需要prepare啦,如果一定要做的,你把lipinski 五原则过滤器关掉试试吧
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
5楼2014-01-02 21:12:06
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monsoncupid

金虫 (小有名气)

据我猜测海藻糖应该不符合lipinski原则
宅若久时天然呆,呆到深处自然萌
6楼2014-01-02 21:15:01
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