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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接时配体跟受体分开很远,配体不在受体活性口袋

我准备好受体和配体之后,做AutoGrid,发觉配体在受体很远的位置,不在蛋白质的活性口袋,如附图,这是什么原因呢?以前也做过别的分子的对接,没有问题,这个就不知道是哪里的问题,有没有可能是前面配体处理出问题了,因为我的配体是一个氨基酸,直接从蛋白质上面抠下来加的H。求各位指点!

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longytu

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【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
木有问题的,不影响你对接的!你把box建在活性中心即可,小分子会乖乖的跑到盒子里面去的。。。。
2楼2013-05-06 07:50:57
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kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-05-06 07:50:57
木有问题的,不影响你对接的!你把box建在活性中心即可,小分子会乖乖的跑到盒子里面去的。。。。

我照你说的接着做了还是不行,小分子还是在外面,请问这是什么原因啊,我对这个对接的原理不是特别熟,刚学的autodock,感觉好多问题。
3楼2013-05-06 22:43:01
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
kshuizhuyu: 金币+5 2013-05-08 22:18:08
kshuizhuyu: 金币+1 2013-05-08 23:26:33
引用回帖:
3楼: Originally posted by kshuizhuyu at 2013-05-06 22:43:01
我照你说的接着做了还是不行,小分子还是在外面,请问这是什么原因啊,我对这个对接的原理不是特别熟,刚学的autodock,感觉好多问题。...

建完盒子,要确定保存!如果不保存盒子的话,是计算机默认的话,有可能出现你的这种情况
4楼2013-05-07 09:20:02
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kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by longytu at 2013-05-07 09:20:02
建完盒子,要确定保存!如果不保存盒子的话,是计算机默认的话,有可能出现你的这种情况...

谢谢啊,我刚刚又做了一遍发觉没问题了,前面因为一直只看到配体在外面,所以觉得是错的,但是等我做完dock之后,把构像play了一下,小分子自己就跑到活性中心去了,都怪没试到最后一步啊,呵呵!
5楼2013-05-08 23:30:37
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多多她爸

新虫 (初入文坛)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-04-19 14:34:07
引用回帖:
5楼: Originally posted by kshuizhuyu at 2013-05-08 23:30:37
谢谢啊,我刚刚又做了一遍发觉没问题了,前面因为一直只看到配体在外面,所以觉得是错的,但是等我做完dock之后,把构像play了一下,小分子自己就跑到活性中心去了,都怪没试到最后一步啊,呵呵!...

我也刚学对接,也发现同样的问题,做完DOCK后,如何把构像PLAY下呢??
6楼2014-04-18 08:19:12
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宋雷宋雷

新虫 (初入文坛)

请问你这个问题怎么解决的?我也是遇到这样的问题 配体离得好远
7楼2018-03-18 10:11:40
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宋雷宋雷

新虫 (初入文坛)

我继续做完了 它对接的时候显示FALTAL ERROR:ERROR in readmap
                                                UNsuccessful completion
   我该检查哪一步啊
跟你一样 原理不懂太多
8楼2018-03-18 10:16:32
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