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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 分子对接时配体跟受体分开很远，配体不在受体活性口袋
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kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)

[求助] 分子对接时配体跟受体分开很远，配体不在受体活性口袋

我准备好受体和配体之后，做AutoGrid，发觉配体在受体很远的位置，不在蛋白质的活性口袋，如附图，这是什么原因呢？以前也做过别的分子的对接，没有问题，这个就不知道是哪里的问题，有没有可能是前面配体处理出问题了，因为我的配体是一个氨基酸，直接从蛋白质上面抠下来加的H。求各位指点！

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1楼 2013-05-05 23:09:16
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
kshuizhuyu: 金币+5 2013-05-08 22:18:08
kshuizhuyu: 金币+1 2013-05-08 23:26:33
引用回帖:
3楼: Originally posted by kshuizhuyu at 2013-05-06 22:43:01
我照你说的接着做了还是不行，小分子还是在外面，请问这是什么原因啊，我对这个对接的原理不是特别熟，刚学的autodock，感觉好多问题。...

建完盒子，要确定保存！如果不保存盒子的话，是计算机默认的话，有可能出现你的这种情况
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4楼2013-05-07 09:20:02
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longytu

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
木有问题的，不影响你对接的！你把box建在活性中心即可，小分子会乖乖的跑到盒子里面去的。。。。
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2楼2013-05-06 07:50:57
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kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by longytu at 2013-05-06 07:50:57
木有问题的，不影响你对接的！你把box建在活性中心即可，小分子会乖乖的跑到盒子里面去的。。。。

我照你说的接着做了还是不行，小分子还是在外面，请问这是什么原因啊，我对这个对接的原理不是特别熟，刚学的autodock，感觉好多问题。
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3楼2013-05-06 22:43:01
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kshuizhuyu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by longytu at 2013-05-07 09:20:02
建完盒子，要确定保存！如果不保存盒子的话，是计算机默认的话，有可能出现你的这种情况...

谢谢啊，我刚刚又做了一遍发觉没问题了，前面因为一直只看到配体在外面，所以觉得是错的，但是等我做完dock之后，把构像play了一下，小分子自己就跑到活性中心去了，都怪没试到最后一步啊，呵呵！
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5楼2013-05-08 23:30:37
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