| 查看: 2062 | 回复: 6 | |||
[交流]
sybyl , 无配体对接
|
|||
| 之前做的对接，都是从PDB库里下载下带有配体的蛋白进行分子对接的，这次突然做到一个不带配体的蛋白，按之前的方法做，试了一下不行，请有经验的虫友指点一下。非常感谢。 |
回复此楼» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 如何多配体对接多蛋白？
已经有7人回复
- sybyl中怎样还原原复合物配体药效构象
已经有4人回复
- 如何将sybyl对接后的蛋白质和配体保存成一个PDB文件
已经有8人回复
- 分子对接前，含有配体的复合蛋白怎么处理？HETATM开头的元素要删除吗
已经有9人回复
- sybyl做分子对接，画的小分子对接不成功
已经有16人回复
- 对接中 用sybyl画出了配体的结构式 对接时报错
已经有8人回复
- 请教各位大牛，SYBYL-X中，SURFLEX-DOCK可加两个配体吗？可加水箱进行对接吗？
已经有7人回复
- sybyl完成分子对接后，如何将配体和蛋白一起导出为pdb文件？
已经有12人回复
- sybyl中的配体提取和准备问题
已经有7人回复
- 配体与打分分子不能很好对接，怎么回事？
已经有8人回复
- 做分子对接前选择配体和受体时有什么要求吗？
已经有5人回复
- 【求助】分子对接后如何计算配体小分子和受体蛋白质相应残基的平面角、面心距、点面距
已经有8人回复
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
家强: 金币+2 2013-07-14 11:29:12
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
家强: 金币+2 2013-07-14 11:29:12
|
给你一个转帖，你看看 http://bioms.org/thread-58-1-1.html 分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。 那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法： 1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。 2、如果优受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。 3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。 4、Discovery Studio Visualizer (free)观察 配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。 以上方法仅供参考。 5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/ 6、找一个序列结构类似的有配体-受体复合物的3D结构，与未知活性位点的蛋白进行对比： 1)在PyMOL中,载入两个蛋白 2) 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对 3) 标记未知活性位点的蛋白残基 4) 保存 比对并标记过的未知活性位点蛋白 以上方法仅供参考。 |
3楼2013-07-14 10:13:20
4楼2013-07-14 11:29:03
5楼2013-07-15 12:01:12
6楼2013-07-15 17:35:25
7楼2013-07-15 17:37:46
简单回复
2013-07-14 05:11
