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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » sybyl , 无配体对接
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家强

木虫 (著名写手)

[交流] sybyl , 无配体对接

之前做的对接，都是从PDB库里下载下带有配体的蛋白进行分子对接的，这次突然做到一个不带配体的蛋白，按之前的方法做，试了一下不行，请有经验的虫友指点一下。非常感谢。
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1楼 2013-07-14 01:15:47
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lipton2001

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
家强: 金币+2 2013-07-14 11:29:12
给你一个转帖，你看看
http://bioms.org/thread-58-1-1.html

分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。
那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法：
1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。
2、如果优受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。
3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。
4、Discovery Studio Visualizer (free)观察 配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。
以上方法仅供参考。
5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/
6、找一个序列结构类似的有配体-受体复合物的3D结构，与未知活性位点的蛋白进行对比：
1)在PyMOL中,载入两个蛋白
2) 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对
3) 标记未知活性位点的蛋白残基
4) 保存 比对并标记过的未知活性位点蛋白
以上方法仅供参考。
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3楼2013-07-14 10:13:20
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家强

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lipton2001 at 2013-07-14 10:13:20
给你一个转帖，你看看
http://bioms.org/thread-58-1-1.html

分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。
那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法：
1、 ...

但是现在我用的是sybyl这个软件，也适用吗
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4楼2013-07-14 11:29:03
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ky96998

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
不行？绝对不是软件的问题，应该是你设置，操作的问题。
sybyl软件里面的对接程序，只要你有蛋白，设置了活性位点，随便给个小分子都能对接。
我觉得问题可能出现在你活性位点选择上，有配体的你可能是基于配体在设置活性位点，而没有配体的蛋白，活性位点的设置就比较麻烦点，首先你得知道活性位点在哪里，哪些氨基酸分子构成活性位点，只要你正确设置了活性位点，那么后边的对接就和你之前做的有配体的蛋白对接是一样的了！
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5楼2013-07-15 12:01:12
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家强

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ky96998 at 2013-07-15 12:01:12
不行？绝对不是软件的问题，应该是你设置，操作的问题。
sybyl软件里面的对接程序，只要你有蛋白，设置了活性位点，随便给个小分子都能对接。
我觉得问题可能出现在你活性位点选择上，有配体的你可能是基于配体在 ...

这是我用sybyl软件处理蛋白，准备生成原型分子，用multi-channel surface这个选项
sybyl , 无配体对接
QQ图片20130715173156.jpg
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6楼2013-07-15 17:35:25
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家强

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by lipton2001 at 2013-07-14 10:13:20
给你一个转帖，你看看
http://bioms.org/thread-58-1-1.html

分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。
那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法：
1、 ...

这是我用sybyl软件，用multi-channel surface 对未知的口袋进行定义，错误提示。希望能帮忙解答一下
sybyl , 无配体对接-1
QQ图片20130715173156.jpg
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7楼2013-07-15 17:37:46
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chlq314101a2楼
2013-07-14 05:11  
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