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sybyl , 无配体对接
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| 之前做的对接，都是从PDB库里下载下带有配体的蛋白进行分子对接的，这次突然做到一个不带配体的蛋白，按之前的方法做，试了一下不行，请有经验的虫友指点一下。非常感谢。 |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
家强: 金币+2 2013-07-14 11:29:12
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家强: 金币+2 2013-07-14 11:29:12
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给你一个转帖，你看看 http://bioms.org/thread-58-1-1.html 分子对接中，要确定大分子的活性位点，如果不知道活性位点可以用blind docking，但可靠性比较低。 那么如果找到活性位点呢？有以下几种方法： 1、查阅文献，根据文献报道找到活性位点。 2、如果优受体-配体的三维结构，则可以运用配体扩张法，确定活性位点，就是以配体的位置为中心，再向外扩增一定范围，一般为6.5到9埃，这个范围的受体残基就构成了相关的活性位点。 3、利用分子空洞技术列如MOE中的site Finder模块，然后根据经验规律，（疏水残基最多的空洞为活性位点）判断活性位点。 4、Discovery Studio Visualizer (free)观察 配体结合位点，也可事实 from PDB Site records或from receptor cavities确定活性位点。 以上方法仅供参考。 5、有一个活性位点预测网上服务器 Q-Site Finder 地址http://www.modelling.leeds.ac.uk/qsitefinder/ 6、找一个序列结构类似的有配体-受体复合物的3D结构，与未知活性位点的蛋白进行对比： 1)在PyMOL中,载入两个蛋白 2) 用align 将未知活性位点的蛋白与配体-受体蛋白进行比对 3) 标记未知活性位点的蛋白残基 4) 保存 比对并标记过的未知活性位点蛋白 以上方法仅供参考。 |
3楼2013-07-14 10:13:20
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