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家强

木虫 (著名写手)

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[交流] sybyl , 无配体对接

之前做的对接，都是从PDB库里下载下带有配体的蛋白进行分子对接的，这次突然做到一个不带配体的蛋白，按之前的方法做，试了一下不行，请有经验的虫友指点一下。非常感谢。

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1楼 2013-07-14 01:15:47

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ky96998

金虫 (小有名气)

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★
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不行？绝对不是软件的问题，应该是你设置，操作的问题。
sybyl软件里面的对接程序，只要你有蛋白，设置了活性位点，随便给个小分子都能对接。
我觉得问题可能出现在你活性位点选择上，有配体的你可能是基于配体在设置活性位点，而没有配体的蛋白，活性位点的设置就比较麻烦点，首先你得知道活性位点在哪里，哪些氨基酸分子构成活性位点，只要你正确设置了活性位点，那么后边的对接就和你之前做的有配体的蛋白对接是一样的了！

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