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wen530

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[求助] 请问准备小分子配体时，有的准备不成功，是什么原因？已有1人参与

各位前辈，请问准备小分子配体时，有的准备不成功（结果显示0 pose），而有的成功了，是什么原因？

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1楼 2013-12-24 15:14:57

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引用回帖:

2楼: Originally posted by monsoncupid at 2013-12-25 17:18:55
你是说的prepare ligand 这步么？
如果不需要如果你不想产生isomers和tautomers的话是没必要专门做prepare的，你只需要做一个geometry优化和minimization就可以了，至于失败的原因跟你参数设置有关系吧，你能说得详 ...

比如葡萄糖、海藻糖这两个小分子进行配体准备，只有葡萄糖准备成功。参数设置为Duplicate structures:Remove; Change ionization:False; Generate tautomers:False; Generate isomers:False; Lipinski Filter:True Generate 3D:True; Parallel Processing:False。请问是什么原因呢？