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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 基于小分子配体的药物设计---sybyl 纠结中......
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13581286695

铜虫 (小有名气)

[求助] 基于小分子配体的药物设计---sybyl 纠结中......

现在手上有8个已知活性的化合物，8个均为同一化合物的衍生物，想利用sybyl模拟指导后续化合物的改造，不知我应该用哪个模块儿呢？
       此化合物报道很少，没有大分子的单晶衍射，不能基于受体进行Surflex-Dock，数据少，不能建QSAR模型。
       多谢牛人回答...
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天道酬勤
1楼 2013-09-23 20:37:45
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iovvoi

金虫 (小有名气)
已知活性的小分子 不知道靶标 推荐用QSAR
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2楼2013-09-23 21:42:07
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13581286695

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by iovvoi at 2013-09-23 21:42:07
已知活性的小分子 不知道靶标 推荐用QSAR

QSAR的话，训练集的个数不够啊，八个化合物的模型应该非常不稳定....
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天道酬勤
3楼2013-09-24 08:27:46
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13581286695

铜虫 (小有名气)
顶一个！
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天道酬勤
4楼2013-09-24 09:01:15
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
才8个所谓有活性的化合物，就想做大事。。。唉，洗洗睡吧。。。。
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
5楼2013-09-25 19:35:05
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13581286695

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by pkuchemistry at 2013-09-25 19:35:05
才8个所谓有活性的化合物，就想做大事。。。唉，洗洗睡吧。。。。

你说的基本没什么用...
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天道酬勤
6楼2013-09-26 09:11:58
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chentg

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
13581286695: 金币+20, ★有帮助 2013-09-26 10:51:41
8个已知活性的化合物?那么说明你已知这8个化合物对什么物质起作用。如物质是蛋白或DNA等，完全可以通过同源模建，构建该靶标的结构，然后再对接，再改造。
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我为人人，人人为我。
7楼2013-09-26 09:39:02
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 13581286695 at 2013-09-26 09:11:58
你说的基本没什么用......

也没应助啊

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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书中自有黄金屋，书中自有颜如玉。
8楼2013-09-26 10:02:47
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的活性物质的靶向知道吧，知道的话可以可以同源模建下，sybyl中有模建的模块，如果不会用用DS也行，那个更容易操作。
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知识总是多的学不完，但是真的艺不压身。
9楼2013-09-26 16:25:48
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13581286695

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-09-26 16:25:48
你的活性物质的靶向知道吧，知道的话可以可以同源模建下，sybyl中有模建的模块，如果不会用用DS也行，那个更容易操作。

抑制机制不明确，没有靶标，我现在用的就是SYBYL-2.0啊.生测显示它对几种癌细胞都有抑制作用，可以先做个同源性评估？
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天道酬勤
10楼2013-09-27 08:42:54
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