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13581286695

铜虫 (小有名气)

[求助] 基于小分子配体的药物设计---sybyl 纠结中......

现在手上有8个已知活性的化合物,8个均为同一化合物的衍生物,想利用sybyl模拟指导后续化合物的改造,不知我应该用哪个模块儿呢?
       此化合物报道很少,没有大分子的单晶衍射,不能基于受体进行Surflex-Dock,数据少,不能建QSAR模型。
       多谢牛人回答...
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天道酬勤
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iovvoi

金虫 (小有名气)

已知活性的小分子 不知道靶标 推荐用QSAR
2楼2013-09-23 21:42:07
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13581286695

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by iovvoi at 2013-09-23 21:42:07
已知活性的小分子 不知道靶标 推荐用QSAR

QSAR的话,训练集的个数不够啊,八个化合物的模型应该非常不稳定....
天道酬勤
3楼2013-09-24 08:27:46
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13581286695

铜虫 (小有名气)

顶一个!
天道酬勤
4楼2013-09-24 09:01:15
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

才8个所谓有活性的化合物,就想做大事。。。唉,洗洗睡吧。。。。
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
5楼2013-09-25 19:35:05
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13581286695

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by pkuchemistry at 2013-09-25 19:35:05
才8个所谓有活性的化合物,就想做大事。。。唉,洗洗睡吧。。。。

你说的基本没什么用...
天道酬勤
6楼2013-09-26 09:11:58
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chentg

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
13581286695: 金币+20, ★有帮助 2013-09-26 10:51:41
8个已知活性的化合物?那么说明你已知这8个化合物对什么物质起作用。如物质是蛋白或DNA等,完全可以通过同源模建,构建该靶标的结构,然后再对接,再改造。
我为人人,人人为我。
7楼2013-09-26 09:39:02
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pkuchemistry

捐助贵宾 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 13581286695 at 2013-09-26 09:11:58
你说的基本没什么用......

也没应助啊

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
书中自有黄金屋,书中自有颜如玉。
8楼2013-09-26 10:02:47
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s1g2k3

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的活性物质的靶向知道吧,知道的话可以可以同源模建下,sybyl中有模建的模块,如果不会用用DS也行,那个更容易操作。
知识总是多的学不完,但是真的艺不压身。
9楼2013-09-26 16:25:48
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13581286695

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by s1g2k3 at 2013-09-26 16:25:48
你的活性物质的靶向知道吧,知道的话可以可以同源模建下,sybyl中有模建的模块,如果不会用用DS也行,那个更容易操作。

抑制机制不明确,没有靶标,我现在用的就是SYBYL-2.0啊.生测显示它对几种癌细胞都有抑制作用,可以先做个同源性评估?
天道酬勤
10楼2013-09-27 08:42:54
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