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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

[求助] Autodock的MGLtool软件在导入配体分子时候出现异常,怎么解决 已有1人参与

我的配体分子是多肽AAPF,已经放在附件。

另外附图一张,左边是图形软件打开多肽的形状,右边是用安装MGLtool软件的GUI界面打开。右边另类的模型直接导致后续的autoaock操作失败阿,很急,求大神指点阿,我已经熬夜反复弄了Linux或者Win系统都失败,快难过死了

Autodock的MGLtool软件在导入配体分子时候出现异常,怎么解决
搜狗截图14年06月16日0136_1.png
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

这是多肽的附件

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  • 附件 1 : 40817-33-2.pdb
  • 2014-06-16 01:47:06, 4.08 K
2楼2014-06-16 01:47:38
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

没人回复
3楼2014-06-16 10:30:30
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


配体没有经过能量最小化优化吗?

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-06-16 11:27:07
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2014-06-16 11:27:07
配体没有经过能量最小化优化吗?

配体也要优化吗?优化之后导入的结构也会出现这样的差异吧?我把没有优化的蛋白结构导入就没有发生这样的变化。总之,谢谢了
5楼2014-06-16 15:07:39
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earth

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 16:00:20
把配体原始坐标和优化后坐标贴一下看看。
6楼2014-06-17 05:56:21
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by earth at 2014-06-17 05:56:21
把配体原始坐标和优化后坐标贴一下看看。

昨天自己问题已解决,多谢拉
7楼2014-06-17 08:57:13
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zhang360

新虫 (正式写手)

最近这几天开始学习autodock,不停出现问题,晕死
8楼2016-07-09 17:02:23
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二叉树

新虫 (初入文坛)

请问楼主是怎么解决的呀,我也遇到了同样的问题,急求

发自小木虫Android客户端
9楼2018-01-15 11:17:32
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wuyaqiao

新虫 (初入文坛)

我是在打开受体分子的时候即macromolecule>set grid filename读取不了受体分子,求解
10楼2018-02-28 10:04:44
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