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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » Autodock的MGLtool软件在导入配体分子时候出现异常，怎么解决
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zhen_fang

银虫 (正式写手)

[求助] Autodock的MGLtool软件在导入配体分子时候出现异常，怎么解决 已有1人参与

我的配体分子是多肽AAPF，已经放在附件。

另外附图一张，左边是图形软件打开多肽的形状，右边是用安装MGLtool软件的GUI界面打开。右边另类的模型直接导致后续的autoaock操作失败阿，很急，求大神指点阿，我已经熬夜反复弄了Linux或者Win系统都失败，快难过死了

Autodock的MGLtool软件在导入配体分子时候出现异常，怎么解决
搜狗截图14年06月16日0136_1.png
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1楼 2014-06-16 01:43:32
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
配体没有经过能量最小化优化吗？

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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4楼2014-06-16 11:27:07
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
这是多肽的附件
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  • 附件 1 : 40817-33-2.pdb
    • 2014-06-16 01:47:06, 4.08 K
2楼2014-06-16 01:47:38
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zhen_fang

银虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2014-06-16 11:27:07
配体没有经过能量最小化优化吗？

配体也要优化吗？优化之后导入的结构也会出现这样的差异吧？我把没有优化的蛋白结构导入就没有发生这样的变化。总之，谢谢了
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5楼2014-06-16 15:07:39
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earth

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 16:00:20
把配体原始坐标和优化后坐标贴一下看看。
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6楼2014-06-17 05:56:21
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